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如何预测蛋白磷酸化？
什么情况下你会认为你的蛋白可能是磷酸化了？也许是跑出来的条带很模糊，略高于预测，或者你认为它参与了信号级联。不管什么情况，如果你怀疑目标蛋白磷酸化，那么就该检查是否真的磷酸化了。
你可以采取的第一步是：通过检查蛋白序列来预测蛋白的磷酸化。
蛋白磷酸化都需要有特定的信号
如果你的蛋白有磷酸化的趋势，那么它需要包含磷酸化共有序列。
一些激酶，例如表皮生长因子受体，具有已经定位的特异性的共有序列。可以通过检查蛋白序列，看看它是否有特定的激酶识别位点。然而，另一些激酶不需要这样的特异性共有序列或共有序列还没有被定位。对于那些，可以应用其它规则。在真核生物中，蛋白质磷酸化通常发生在丝氨酸，苏氨酸，酪氨酸和组氨酸（在低等真核生物中）残基上。
激酶识别和随后蛋白的磷酸化取决于残基存在的位点。位点周围的氨基酸构成共有位点。在真核生物中，当残基位于一个或多个碱性氨基酸附近时，常常发生丝氨酸和苏氨酸残基上的磷酸化。
相反的，酪氨酸磷酸化发生在残基紧邻酸性氨基酸时。这些一般规则是复杂的，因为一些激酶严重
依赖于蛋白质的3d结构的识别。此外，许多蛋白质含有多个磷酸化位点，并且可能发生磷酸化级联反应，一个残基的磷酸化可能仅在另一个残基被磷酸化之后发生。
蛋白磷酸化预测软件
感谢生物信息学的发展，你可以使用在线程序预测蛋白中潜在磷酸化位点。
许多可用的程序包括，Vector NTI或 MacVector，内置的蛋白质分析软件，可以预测潜在的磷酸化位点。
或者，有大量免费软件或免费在线服务来预测蛋白磷酸化，包括：
Cuckoo Workgroup 团队：GPS生物序列分析中心：NetPhos 2.0
Cell Signaling Technology：PhosphositePlus
GPS，它建立了一套很好的规则来讲PKs分类到4层的层次聚类中。同时,他们还开发了一个简单的方法来估计理论上最大的FPR
然后GPS 2.0(Group-based Prediction System)软件可以预测人类408个PKs的激酶特异的磷酸化位点的层次结构。作为一个应用程序中,他们进行了对> 13000哺乳动物磷酸化位点进行了高性能的预测。
作为第一个计算磷酸化的独立的软件,GPS 2.0将是针对于进一步实验设计和磷酸化网络建立的一个很好的工具。
当你使用这些分析软件时，切记它们只是一个预测工具，事实还需要靠实验来证明！
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如何预测蛋白磷酸化？
什么情况下你会认为你的蛋白可能是磷酸化了？也许是跑出来的条带很模糊，略高于预测，或者你认为它参与了信号级联。不管什么情况，如果你怀疑目标蛋白磷酸化，那么就该检查是否真的磷酸化了。
你可以采取的第一步是：通过检查蛋白序列来预测蛋白的磷酸化。
蛋白磷酸化都需要有特定的信号
如果你的蛋白有磷酸化的趋势，那么它需要包含磷酸化共有序列。
一些激酶，例如表皮生长因子受体，具有已经定位的特异性的共有序列。可以通过检查蛋白序列，看看它是否有特定的激酶识别位点。然而，另一些激酶不需要这样的特异性共有序列或共有序列还没有被定位。对于那些，可以应用其它规则。在真核生物中，蛋白质磷酸化通常发生在丝氨酸，苏氨酸，酪氨酸和组氨酸（在低等真核生物中）残基上。
激酶识别和随后蛋白的磷酸化取决于残基存在的位点。位点周围的氨基酸构成共有位点。在真核生物中，当残基位于一个或多个碱性氨基酸附近时，常常发生丝氨酸和苏氨酸残基上的磷酸化。
相反的，酪氨酸磷酸化发生在残基紧邻酸性氨基酸时。这些一般规则是复杂的，因为一些激酶严重
依赖于蛋白质的3d结构的识别。此外，许多蛋白质含有多个磷酸化位点，并且可能发生磷酸化级联反应，一个残基的磷酸化可能仅在另一个残基被磷酸化之后发生。
蛋白磷酸化预测软件
感谢生物信息学的发展，你可以使用在线程序预测蛋白中潜在磷酸化位点。
许多可用的程序包括，Vector NTI或 MacVector，内置的蛋白质分析软件，可以预测潜在的磷酸化位点。
或者，有大量免费软件或免费在线服务来预测蛋白磷酸化，包括：
Cuckoo Workgroup 团队：GPS生物序列分析中心：NetPhos 2.0
Cell Signaling Technology：PhosphositePlus
GPS，它建立了一套很好的规则来讲PKs分类到4层的层次聚类中。同时,他们还开发了一个简单的方法来估计理论上最大的FPR
然后GPS 2.0(Group-based Prediction System)软件可以预测人类408个PKs的激酶特异的磷酸化位点的层次结构。作为一个应用程序中,他们进行了对> 13000哺乳动物磷酸化位点进行了高性能的预测。
作为第一个计算磷酸化的独立的软件,GPS 2.0将是针对于进一步实验设计和磷酸化网络建立的一个很好的工具。
当你使用这些分析软件时，切记它们只是一个预测工具，事实还需要靠实验来证明！
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