一)完善税收政策的现实选择
农产品收购企业计提进项税额按含税价计算，计提销项税按不含税价格计算，税基口径不同，造成了在一定毛利率下，企业增值不纳税。对此，建议将购进农产品开具的收购发票和小规模纳税人开具的普通发票在计提进项税时，按企业购进农产品的不含税价扣税，把企业销售后增值部分的税款体现出来。但这一选择仍然无法解决企业自行开具和抵扣环节的漏洞，不能减少征管压力。
二是改变自行抵扣办法。现行增值税政策规定，符合条件的增值税一般纳税人购进免税农产品，可开具农产品收购发票并按注明的价款和13％的扣除率计算抵扣进项税额。这一规定是造成企业虚开农产品收购发票的重要原因之一，单纯从征管的角度，很难有效控管。建议对农产品收购加工企业实行类似增值税简易征收的方法，即不允许一般纳税人抵扣农产品收购进项税额，其对外销售时可仍按1 7％或13％开具增值税专用发票，但对其征收税款时改按6％或4％的征收率重新核查销售额征收。尽管这种做法使收购环节的增值税抵扣链条中断，但并不影响下一环节的抵扣，有利于堵塞收购环节的漏洞，企业税负也基本公平，只是会相对增加税务机关重新核查销售额、计征税款的工作量，但较过去核查收购发票、收购业务真实性所花费的人力、物力要明显降低，税收成本总体下降，是较为可行、合理的政策选择。
(二)加强税收征管的具体措施
降低征管成本、加强税收征管的基本思路是“以信息数据采集为前提、以预约定耗和纳税评估为核心、以分类管理和农产品收购发票管理为重点，以实地核查为补充，以销控进，以票控税，以查促管”。
1．广泛采集涉税信息。税务机关应加强与工商、外贸、海关、银行等部门的联系，取得企业开业登记、投资规模、银行账号、进出口等相关信息，并通过物价部门、行业协会、专业交易批发市场、主产地镇政府等部门定期收集辖区内主要农产品的市场收购、销售价格等信息。同时，税务机关要实地了解企业的主要原材料、生产工艺流程、产品品种、产品规格、工人工资等情况，形成企业基本情况数据库和农产品收购、销售价格数据库，为加强管理提供信息源。
2．推行预约定耗。预约定耗指税企双方对正常损耗率进行预先约定，用以确定农产品生产经营中的正常投入产出率，是控制企业生产、销售数量，有效解决销售收入不入账和收购发票虚开等问题最简捷的方法之一。纳税人要向主管国税局提出书面申请报告，报送《农产品预约定耗申报表》，由税收管理员实地调查核实该纳税人的生产经营情况、工艺流程，掌握原材料和产成品的投入产出率或商品的正常损耗率，并参照同行业平均值，提出确定投入产出率或损耗率的初步意见，报主管税务机关负责人复核后，将《农产品预约定耗申报表》送达企业。若纳税人认同税务机关的意见，该约定的投入产出率或损耗率即具有约束力。
3．开展纳税评估。要健全纳税评估指标体系，对以农产品为主要原料的生产、加工企业分行业测算成品率、耗损率、税负率以及煤、电、水、气等能耗指标，设立预警区间，建立评估模板，对出现低于预警下限、进项税额大于销项税额以及销售额波动较大等异常情况的要及时评估。要根据企业或行业特点综合运用、灵活选择投入产出、资金支付、能耗指标、包装物(辅料)、库存情况、计件(时)工资监控分析等行之有效的方法，多指标、多项目、多角度地深入评估，提高分析的准确性。要加快纳税评估的信息化建设步伐，开发推广评估软件，充分利用
CTAIS、金税工程等系统数据资源，实现海量信息的增值利用，不断提高评估质效。
4．实行分类管理。税务机关可根据企业纳税信用、财务管理水平、税负率等情况，探索对农产品收购企业实行A、B、C分类监控管理办法。对及及时办理纳税申报和近三年无偷逃税行为的、财务管理规范、税负率高于全国同行业平均税负率的企业可划分为A类。税务机关按季对企业生产经营、收购发票开具等情况进行实地核查，每年纳税评估两次。对能及时办理纳税申报和报送有关资料、财务核算较规范、税负率低于全国平均税负率但高于全国最低税负预警下限、近两年内无偷逃税行为的，可划分为B类。税务机关按月进行实地核查，每季度进行纳税评估。其他企业分为C类，除按月检查评估外，企业在收购较大数额和金额的农产品前，须报主管税务机关，由税收管理员实地核实。
5．严格农产品收购发票管理。重点是做到五个严格，即严格资格审批制度，对申请使用收购发票的企业进行认真审查，凡不符合条件的，一律不允许领用收购发票；严格发票开具制度，按规定的时限、顺序，逐栏、全部联次一次性如实开具，填票人、付款人、收款人、验货员等栏次必须由其本人填写。同时，企业用收购凭证进行抵扣时，必须附有过磅单、入库单和有销货人签收的付款凭证；严格资料备查制度,收购企业向同一农业生产者个人收购农产品，月累计收购金额超过5000元的，需提供个人身份证复印件或其他能证明身份的有效证件复印件；严格现金支付制度，收购农产品需支付现金的，应遵守国务院《现金管理暂行条例》从本单位库存现金限额中支付或者从开户银行提取．不得从本单位现金收入中直接支付，开具发票时，要将相应的取款凭证号码在农产品收购发票备注栏内填写备查。严格大宗收购业务实地审核制度，对一次性购入数量较大的采购，企业要向税务机关及时报告，由税务机关实地确认，防止虚开、多开收购发票。
一)完善税收政策的现实选择
农产品收购企业计提进项税额按含税价计算，计提销项税按不含税价格计算，税基口径不同，造成了在一定毛利率下，企业增值不纳税。对此，建议将购进农产品开具的收购发票和小规模纳税人开具的普通发票在计提进项税时，按企业购进农产品的不含税价扣税，把企业销售后增值部分的税款体现出来。但这一选择仍然无法解决企业自行开具和抵扣环节的漏洞，不能减少征管压力。
二是改变自行抵扣办法。现行增值税政策规定，符合条件的增值税一般纳税人购进免税农产品，可开具农产品收购发票并按注明的价款和13％的扣除率计算抵扣进项税额。这一规定是造成企业虚开农产品收购发票的重要原因之一，单纯从征管的角度，很难有效控管。建议对农产品收购加工企业实行类似增值税简易征收的方法，即不允许一般纳税人抵扣农产品收购进项税额，其对外销售时可仍按1 7％或13％开具增值税专用发票，但对其征收税款时改按6％或4％的征收率重新核查销售额征收。尽管这种做法使收购环节的增值税抵扣链条中断，但并不影响下一环节的抵扣，有利于堵塞收购环节的漏洞，企业税负也基本公平，只是会相对增加税务机关重新核查销售额、计征税款的工作量，但较过去核查收购发票、收购业务真实性所花费的人力、物力要明显降低，税收成本总体下降，是较为可行、合理的政策选择。
(二)加强税收征管的具体措施
降低征管成本、加强税收征管的基本思路是“以信息数据采集为前提、以预约定耗和纳税评估为核心、以分类管理和农产品收购发票管理为重点，以实地核查为补充，以销控进，以票控税，以查促管”。
1．广泛采集涉税信息。税务机关应加强与工商、外贸、海关、银行等部门的联系，取得企业开业登记、投资规模、银行账号、进出口等相关信息，并通过物价部门、行业协会、专业交易批发市场、主产地镇政府等部门定期收集辖区内主要农产品的市场收购、销售价格等信息。同时，税务机关要实地了解企业的主要原材料、生产工艺流程、产品品种、产品规格、工人工资等情况，形成企业基本情况数据库和农产品收购、销售价格数据库，为加强管理提供信息源。
2．推行预约定耗。预约定耗指税企双方对正常损耗率进行预先约定，用以确定农产品生产经营中的正常投入产出率，是控制企业生产、销售数量，有效解决销售收入不入账和收购发票虚开等问题最简捷的方法之一。纳税人要向主管国税局提出书面申请报告，报送《农产品预约定耗申报表》，由税收管理员实地调查核实该纳税人的生产经营情况、工艺流程，掌握原材料和产成品的投入产出率或商品的正常损耗率，并参照同行业平均值，提出确定投入产出率或损耗率的初步意见，报主管税务机关负责人复核后，将《农产品预约定耗申报表》送达企业。若纳税人认同税务机关的意见，该约定的投入产出率或损耗率即具有约束力。
3．开展纳税评估。要健全纳税评估指标体系，对以农产品为主要原料的生产、加工企业分行业测算成品率、耗损率、税负率以及煤、电、水、气等能耗指标，设立预警区间，建立评估模板，对出现低于预警下限、进项税额大于销项税额以及销售额波动较大等异常情况的要及时评估。要根据企业或行业特点综合运用、灵活选择投入产出、资金支付、能耗指标、包装物(辅料)、库存情况、计件(时)工资监控分析等行之有效的方法，多指标、多项目、多角度地深入评估，提高分析的准确性。要加快纳税评估的信息化建设步伐，开发推广评估软件，充分利用
CTAIS、金税工程等系统数据资源，实现海量信息的增值利用，不断提高评估质效。
4．实行分类管理。税务机关可根据企业纳税信用、财务管理水平、税负率等情况，探索对农产品收购企业实行A、B、C分类监控管理办法。对及及时办理纳税申报和近三年无偷逃税行为的、财务管理规范、税负率高于全国同行业平均税负率的企业可划分为A类。税务机关按季对企业生产经营、收购发票开具等情况进行实地核查，每年纳税评估两次。对能及时办理纳税申报和报送有关资料、财务核算较规范、税负率低于全国平均税负率但高于全国最低税负预警下限、近两年内无偷逃税行为的，可划分为B类。税务机关按月进行实地核查，每季度进行纳税评估。其他企业分为C类，除按月检查评估外，企业在收购较大数额和金额的农产品前，须报主管税务机关，由税收管理员实地核实。
5．严格农产品收购发票管理。重点是做到五个严格，即严格资格审批制度，对申请使用收购发票的企业进行认真审查，凡不符合条件的，一律不允许领用收购发票；严格发票开具制度，按规定的时限、顺序，逐栏、全部联次一次性如实开具，填票人、付款人、收款人、验货员等栏次必须由其本人填写。同时，企业用收购凭证进行抵扣时，必须附有过磅单、入库单和有销货人签收的付款凭证；严格资料备查制度,收购企业向同一农业生产者个人收购农产品，月累计收购金额超过5000元的，需提供个人身份证复印件或其他能证明身份的有效证件复印件；严格现金支付制度，收购农产品需支付现金的，应遵守国务院《现金管理暂行条例》从本单位库存现金限额中支付或者从开户银行提取．不得从本单位现金收入中直接支付，开具发票时，要将相应的取款凭证号码在农产品收购发票备注栏内填写备查。严格大宗收购业务实地审核制度，对一次性购入数量较大的采购，企业要向税务机关及时报告，由税务机关实地确认，防止虚开、多开收购发票。