兰对新一的怀疑：
007 每月一件礼物威胁事件
露马脚的是当小兰对柯南说：“这么快就找到了，不愧是新一啊”而柯南答应了。解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人
096 走投无路的名侦探--连续两大杀人事件(新一父母再次出现,柯南差点被小兰识破，群马县山村刑事初登场)(这个就是九十九元康那集）
露马脚的原因是柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活——第三个选择
191 危命的复活——黑衣骑士
192 危命的复活——新一回来了
193 危命的复活——约定的场所
当柯南受伤做手术需要输血时恰赶上医院血库里柯南血型的血用光了，小兰耗不犹豫地为柯南献血，而小兰知道她自己与新一是一个血型，这使得柯南感觉到小兰已看透他的真实身份，觉得瞒不下去了，正当柯南在平次的建议下打算把真相告诉小兰时，灰原告诉柯南这样会带来杀机，让他继续隐瞒。解决方法是，柯南吃了灰原参考白干成分开发的ATPX解药的实验品，变回新一，出现在小兰表演节目的舞台上，而灰原伪装成柯南，使新一、柯南同时出现在小兰面前，解除了小兰的疑惑。但实验品毕竟是实验品，还没等新一向小兰表白，他又变回了柯南
TV:400 兰的疑惑
发现新一的手机与柯南的手机一样，当小兰试图解开这个问题时，柯南用早已录好的新一声音的磁带给小兰打去电话，同时，柯南出现在小兰面前。
剧场版三 《世纪末的魔术师》
当柯南要坦白身份的时候,是基德化险为夷的
其他有知道新一真实身份的：
按照时间循序：
1、阿笠博士
【002 董事长千金绑架事件】
新一身体变小后直接去找阿笠博士，亲自告诉他自己就是工藤新一，可是阿笠博士根本就不信，还想把他带到警察局去，结果新一推理出阿笠博士刚刚去过哪里做过些什么后露出得意的表情，阿笠博士才相信了他。
2、工藤优作
3、工藤有希子
【043 江户川柯南诱拐事件】
父母好不容易回国看儿子，却发现儿子不在家，于是在阿笠博士那里知道了事情的真相，还设计了恶作剧来测试新一的推理能力。
4、服部平次
【057-058 福尔摩斯迷杀人事件】
他是靠自己发现柯南真实身份的人之一。
一直把工藤新一视为劲敌，为了见他参加了福尔摩斯迷聚会，却让他发现柯南的可疑。最后柯南利用服部平次推理时彻底穿帮，柯南只好告诉平次事情的来龙去脉。之后平次也开始成为柯南最可靠的搭档！
5、宫野明美
【128 黑衣组织10亿元抢夺事件】
宫野明美是黑衣组织的人，化名为广田雅美，做了银行职员，为了帮助自己的妹妹宫野志保脱离组织，抢劫了10亿元。被柯南发现，想要阻止她时，却被打晕。明美一个人去见了黑衣组织的人，想救出自己的妹妹，没想到却被杀害。柯南赶到时，明美奄奄一息，她问柯南“你到底是谁”，柯南告诉了她自己的真实姓名。明美也告诉了柯南自己是黑衣组织的人，然后在柯南的怀里死去。
6、灰原哀
【129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件】
灰原哀是转学到柯南班上的。原来是黑衣组织的人，原名宫野志保，因为姐姐的事情，脱离了组织。和柯南回家的时候，直接喊出了新一的名字，还告诉他使他身体变小的药就是自己的研究成果。
7、怪盗基德
【剧场版3 世纪末的魔术师】
他是靠自己发现柯南真实身份的人之一。
假扮成白鸟警官，发现柯南的可疑！最后还假扮成新一的模样来解救柯南。是个亦敌亦友的家伙。
8、泽田弘树
【剧场版6 贝克街的亡灵】
柯南从石门要回到现实的时候，弘树（应该说是诺亚方舟）说：“再见了，工藤新一。”如何得知新一身份却有点微妙，不得而知。
9、贝尔摩得
【345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案】
黑衣组织的人。真面目是女影星克丽丝·宾亚德，而且和莎龙是同一个人，莎龙是新一妈妈的朋友，所以可能从相册里看到过新一小时候的样子，很容易看出柯南的真实身份。
10、朱蒂
【345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案】
朱蒂是FBI的人，之前好几次觉得柯南是个不可思议的孩子。一直到和贝尔摩得正面对抗，才和柯南建立起正面关系，当然也就没有身份之谜可言了。
11、詹姆斯
【425 黑色的冲击！黑衣组织魔爪伸来的瞬间】
FBI的领导，朱蒂的上司。借由朱蒂正式结识了柯南。其实之前在[258-259 来自芝加哥的男子]已经接触过了。
12、赤井秀一
之前跟踪贝尔摩得，跟踪小哀的时候，应该观察到柯南的不寻常之处，但也不是很在意。一直到【红与黑的碰撞系列】开始建立正面关系，一个会相信小孩子说的话的人，一定对这孩子的底细心里有底了。
13、水无怜奈
【425 黑色的冲击！黑衣组织魔爪伸来的瞬间】
【500 红与黑的碰撞 遗言】
在425集中，曾经测试出来柯南这孩子跟踪自己，觉得可疑。后来在500集中，由于和FBI建立合作关系，也就没有身份秘密可言了。
14、本堂瑛佑
【507-508 卡拉OK包房的死角】
他是靠自己发现柯南真实身份的人之一。
早就怀疑柯南了，知道他的身份后，还用计逼得柯南自己说出来自己就是工藤新一。
=================================
下面是一些疑似知道身份的人：
高木涉
【1200万人质】
高木问柯南到底是何方神圣，柯南说，“既然你想知道就告诉你好了，其实我来自另一个世界……”后面就不得而知了。
老主持
【剧场版7 迷宫的十字口】
他看出了柯南的不平凡。
兰对新一的怀疑：
007 每月一件礼物威胁事件
露马脚的是当小兰对柯南说：“这么快就找到了，不愧是新一啊”而柯南答应了。解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人
096 走投无路的名侦探--连续两大杀人事件(新一父母再次出现,柯南差点被小兰识破，群马县山村刑事初登场)(这个就是九十九元康那集）
露马脚的原因是柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活——第三个选择
191 危命的复活——黑衣骑士
192 危命的复活——新一回来了
193 危命的复活——约定的场所
当柯南受伤做手术需要输血时恰赶上医院血库里柯南血型的血用光了，小兰耗不犹豫地为柯南献血，而小兰知道她自己与新一是一个血型，这使得柯南感觉到小兰已看透他的真实身份，觉得瞒不下去了，正当柯南在平次的建议下打算把真相告诉小兰时，灰原告诉柯南这样会带来杀机，让他继续隐瞒。解决方法是，柯南吃了灰原参考白干成分开发的ATPX解药的实验品，变回新一，出现在小兰表演节目的舞台上，而灰原伪装成柯南，使新一、柯南同时出现在小兰面前，解除了小兰的疑惑。但实验品毕竟是实验品，还没等新一向小兰表白，他又变回了柯南
TV:400 兰的疑惑
发现新一的手机与柯南的手机一样，当小兰试图解开这个问题时，柯南用早已录好的新一声音的磁带给小兰打去电话，同时，柯南出现在小兰面前。
剧场版三 《世纪末的魔术师》
当柯南要坦白身份的时候,是基德化险为夷的
其他有知道新一真实身份的：
按照时间循序：
1、阿笠博士
【002 董事长千金绑架事件】
新一身体变小后直接去找阿笠博士，亲自告诉他自己就是工藤新一，可是阿笠博士根本就不信，还想把他带到警察局去，结果新一推理出阿笠博士刚刚去过哪里做过些什么后露出得意的表情，阿笠博士才相信了他。
2、工藤优作
3、工藤有希子
【043 江户川柯南诱拐事件】
父母好不容易回国看儿子，却发现儿子不在家，于是在阿笠博士那里知道了事情的真相，还设计了恶作剧来测试新一的推理能力。
4、服部平次
【057-058 福尔摩斯迷杀人事件】
他是靠自己发现柯南真实身份的人之一。
一直把工藤新一视为劲敌，为了见他参加了福尔摩斯迷聚会，却让他发现柯南的可疑。最后柯南利用服部平次推理时彻底穿帮，柯南只好告诉平次事情的来龙去脉。之后平次也开始成为柯南最可靠的搭档！
5、宫野明美
【128 黑衣组织10亿元抢夺事件】
宫野明美是黑衣组织的人，化名为广田雅美，做了银行职员，为了帮助自己的妹妹宫野志保脱离组织，抢劫了10亿元。被柯南发现，想要阻止她时，却被打晕。明美一个人去见了黑衣组织的人，想救出自己的妹妹，没想到却被杀害。柯南赶到时，明美奄奄一息，她问柯南“你到底是谁”，柯南告诉了她自己的真实姓名。明美也告诉了柯南自己是黑衣组织的人，然后在柯南的怀里死去。
6、灰原哀
【129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件】
灰原哀是转学到柯南班上的。原来是黑衣组织的人，原名宫野志保，因为姐姐的事情，脱离了组织。和柯南回家的时候，直接喊出了新一的名字，还告诉他使他身体变小的药就是自己的研究成果。
7、怪盗基德
【剧场版3 世纪末的魔术师】
他是靠自己发现柯南真实身份的人之一。
假扮成白鸟警官，发现柯南的可疑！最后还假扮成新一的模样来解救柯南。是个亦敌亦友的家伙。
8、泽田弘树
【剧场版6 贝克街的亡灵】
柯南从石门要回到现实的时候，弘树（应该说是诺亚方舟）说：“再见了，工藤新一。”如何得知新一身份却有点微妙，不得而知。
9、贝尔摩得
【345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案】
黑衣组织的人。真面目是女影星克丽丝·宾亚德，而且和莎龙是同一个人，莎龙是新一妈妈的朋友，所以可能从相册里看到过新一小时候的样子，很容易看出柯南的真实身份。
10、朱蒂
【345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案】
朱蒂是FBI的人，之前好几次觉得柯南是个不可思议的孩子。一直到和贝尔摩得正面对抗，才和柯南建立起正面关系，当然也就没有身份之谜可言了。
11、詹姆斯
【425 黑色的冲击！黑衣组织魔爪伸来的瞬间】
FBI的领导，朱蒂的上司。借由朱蒂正式结识了柯南。其实之前在[258-259 来自芝加哥的男子]已经接触过了。
12、赤井秀一
之前跟踪贝尔摩得，跟踪小哀的时候，应该观察到柯南的不寻常之处，但也不是很在意。一直到【红与黑的碰撞系列】开始建立正面关系，一个会相信小孩子说的话的人，一定对这孩子的底细心里有底了。
13、水无怜奈
【425 黑色的冲击！黑衣组织魔爪伸来的瞬间】
【500 红与黑的碰撞 遗言】
在425集中，曾经测试出来柯南这孩子跟踪自己，觉得可疑。后来在500集中，由于和FBI建立合作关系，也就没有身份秘密可言了。
14、本堂瑛佑
【507-508 卡拉OK包房的死角】
他是靠自己发现柯南真实身份的人之一。
早就怀疑柯南了，知道他的身份后，还用计逼得柯南自己说出来自己就是工藤新一。
=================================
下面是一些疑似知道身份的人：
高木涉
【1200万人质】
高木问柯南到底是何方神圣，柯南说，“既然你想知道就告诉你好了，其实我来自另一个世界……”后面就不得而知了。
老主持
【剧场版7 迷宫的十字口】
他看出了柯南的不平凡。