西藏的宗教很早以前就有不少教派，其中有一个叫噶玛噶举派，因为这个教派习惯戴黑帽子，因此也被称为“黑帽派”，活佛转世的规则最早就出自于这个“黑帽派”，时间是12世纪，到13世纪才成为一种制度。“黑帽派”转世活佛的名号称为“噶玛巴”，到目前为止，已有17位噶玛巴转世，亦即17世噶玛巴，它也因此成为西藏佛教史上历史最悠久，转世最多的活佛系统。
活佛转世观念与佛教的生死轮回思想有关。藏传佛教认为，只有刻苦修行的有道高僧才能在死后依然转世为人。活佛转世最初的目的是确定寺院的首领，因此，自从“黑帽派”开创活佛转世以后，迄今为止，在藏传佛教传播的地区，大约有上千个活佛转世系统。其中最著名的，就是现在人们熟知的达赖和班禅系统，并成为西藏的宗教领袖。那么，这两个最重要的活佛转世系统是怎么出现的呢？
在藏传佛教中，有一个最著名的教派，因为戴黄帽子而被称为“黄教”。“黄教”的创始人名叫宗喀巴，也是这一教派的领袖。宗喀巴去世后，“黄教”的领袖由他的几位弟子贾曹杰、克珠杰依次担任。宗喀巴最小的弟子根敦珠巴创立了著名的札什伦布寺。1474年，根敦珠巴去世前，宣布自己将转世。4年后，人们给他找了一位转世灵童，名叫根敦嘉措。因此，“黄教”接受活佛转世的时间，比最早的“黑帽派”要晚2个世纪。但是，“黄教”的转世活佛后来居上，最终成为全西藏的宗教领袖。
1542年，根敦嘉措去世，他的转世灵童名叫索南嘉措。索南嘉措到蒙古传教时，1578年，被蒙古首领俺答汗授予“达赖喇嘛”的封号，这也是“达赖喇嘛”这一称号第一次在历史上出现。但是，索南嘉措被认定为三世达赖喇嘛，前文提到的根敦珠巴和根敦嘉措被追认为一世、二世达赖。从此以后，达赖喇嘛的活佛转世系统，由于受到世俗王权的册封，而成为西藏地区最重要的活佛转世系统之一。
三世达赖索南嘉措圆寂于蒙古草原，四世达赖云丹嘉措出现于蒙古，也是达赖系统唯一的蒙古人。而且，云丹嘉措还是蒙古首领俺答汗的子孙。这便出现了一个问题：如果宗教地位很高的达赖喇嘛的转世，可以被当权人物操纵，使得宗教领袖成为权势家族自产自销的囊中之物，那么，就很容易产生腐败，弊端甚多。这一问题直到很多年以后才得以解决。
四世达赖云丹嘉措1616年去世，此时，札什伦布寺的寺主名叫罗桑曲吉坚赞，他前往拉萨主持宗教事务，并开始寻访四世达赖的转世灵童。历史有时候是具有偶然性的。当时西藏的世俗政权首领拉藏汗不同意达赖喇嘛的继续转世。如果拉藏汗的意见坚持下去，西藏后来的历史也许会完全改写。罗桑曲吉坚赞拯救了达赖系统。罗桑曲吉坚赞有较高的医术，他给拉藏汗治好了病，使得拉藏汗同意寻找达赖喇嘛的转世灵童，于是，五世达赖阿旺罗桑嘉措登上历史舞台，罗桑曲吉坚赞成为五世达赖的老师。
拉藏汗一定没有料到，自己当初同意寻找达赖喇嘛的转世灵童，会给自己带来什么结局。1641年，明崇祯14年，五世达赖和罗桑曲吉坚赞一起，将蒙古势力引入西藏，消灭了拉藏汗。进入西藏的蒙古人又正式册封罗桑曲吉坚赞为班禅。此后，五世达赖联合清朝政府，赶走了蒙古人。1653年，清朝顺治皇帝正式册封
五世达赖，达赖喇嘛由此成为西藏的最高统治者。
1662年，清朝康熙元年，罗桑曲吉坚赞去世。五世达赖感念其教诲的师恩，决定为其寻找转世灵童。从此，黄教的第二个活佛转世系统，班禅活佛开始出现。按照黄教的辈分关系，罗桑曲吉坚赞被认定为四世班禅，前面三个“转世”的班禅都是追认的，一世班禅就是前文提到的宗喀巴的另一位弟子克珠杰。五世班禅名叫罗桑益西，1713年，清朝康熙皇帝正式册封五世班禅“班禅额尔德尼”的封号。
由此，我们看到达赖和班禅两个活佛转世系统的关系，虽然班禅转世系统实际上比达赖转世系统要晚出现100多年，但是，他们都源自于黄教创始人宗喀巴的弟子，一世班禅还是一世达赖的“师哥”。当罗桑曲吉坚赞保住了达赖的传承后，他们联合清朝，获得西藏的统治权，其实也是“黄教”的胜利。从此，西藏的其他教派，在地位上都无法超过“黄教”。西藏从此也真正进入“政教合一”的统治方式。
由于达赖和班禅都是朝廷正式册封的，因此这两个活佛系统的地位也远高于其他活佛转世系统。清朝册封两个活佛系统，也有互相牵制的意思。在历史上，班禅与达赖都是互为师生。由于转世灵童都有一个教育培养的过程，因此，当达赖年幼时，班禅就担负领导和教师的责任；反之，当班禅年幼时，达赖就承担领导和教师的责任。从这个意义上说，达赖与班禅的地位是一样的。只是由于达赖的常驻地在拉萨，而班禅的常驻地在后藏，因此，达赖在世俗社会的重要性似乎要高一点。
西藏的宗教很早以前就有不少教派，其中有一个叫噶玛噶举派，因为这个教派习惯戴黑帽子，因此也被称为“黑帽派”，活佛转世的规则最早就出自于这个“黑帽派”，时间是12世纪，到13世纪才成为一种制度。“黑帽派”转世活佛的名号称为“噶玛巴”，到目前为止，已有17位噶玛巴转世，亦即17世噶玛巴，它也因此成为西藏佛教史上历史最悠久，转世最多的活佛系统。
活佛转世观念与佛教的生死轮回思想有关。藏传佛教认为，只有刻苦修行的有道高僧才能在死后依然转世为人。活佛转世最初的目的是确定寺院的首领，因此，自从“黑帽派”开创活佛转世以后，迄今为止，在藏传佛教传播的地区，大约有上千个活佛转世系统。其中最著名的，就是现在人们熟知的达赖和班禅系统，并成为西藏的宗教领袖。那么，这两个最重要的活佛转世系统是怎么出现的呢？
在藏传佛教中，有一个最著名的教派，因为戴黄帽子而被称为“黄教”。“黄教”的创始人名叫宗喀巴，也是这一教派的领袖。宗喀巴去世后，“黄教”的领袖由他的几位弟子贾曹杰、克珠杰依次担任。宗喀巴最小的弟子根敦珠巴创立了著名的札什伦布寺。1474年，根敦珠巴去世前，宣布自己将转世。4年后，人们给他找了一位转世灵童，名叫根敦嘉措。因此，“黄教”接受活佛转世的时间，比最早的“黑帽派”要晚2个世纪。但是，“黄教”的转世活佛后来居上，最终成为全西藏的宗教领袖。
1542年，根敦嘉措去世，他的转世灵童名叫索南嘉措。索南嘉措到蒙古传教时，1578年，被蒙古首领俺答汗授予“达赖喇嘛”的封号，这也是“达赖喇嘛”这一称号第一次在历史上出现。但是，索南嘉措被认定为三世达赖喇嘛，前文提到的根敦珠巴和根敦嘉措被追认为一世、二世达赖。从此以后，达赖喇嘛的活佛转世系统，由于受到世俗王权的册封，而成为西藏地区最重要的活佛转世系统之一。
三世达赖索南嘉措圆寂于蒙古草原，四世达赖云丹嘉措出现于蒙古，也是达赖系统唯一的蒙古人。而且，云丹嘉措还是蒙古首领俺答汗的子孙。这便出现了一个问题：如果宗教地位很高的达赖喇嘛的转世，可以被当权人物操纵，使得宗教领袖成为权势家族自产自销的囊中之物，那么，就很容易产生腐败，弊端甚多。这一问题直到很多年以后才得以解决。
四世达赖云丹嘉措1616年去世，此时，札什伦布寺的寺主名叫罗桑曲吉坚赞，他前往拉萨主持宗教事务，并开始寻访四世达赖的转世灵童。历史有时候是具有偶然性的。当时西藏的世俗政权首领拉藏汗不同意达赖喇嘛的继续转世。如果拉藏汗的意见坚持下去，西藏后来的历史也许会完全改写。罗桑曲吉坚赞拯救了达赖系统。罗桑曲吉坚赞有较高的医术，他给拉藏汗治好了病，使得拉藏汗同意寻找达赖喇嘛的转世灵童，于是，五世达赖阿旺罗桑嘉措登上历史舞台，罗桑曲吉坚赞成为五世达赖的老师。
拉藏汗一定没有料到，自己当初同意寻找达赖喇嘛的转世灵童，会给自己带来什么结局。1641年，明崇祯14年，五世达赖和罗桑曲吉坚赞一起，将蒙古势力引入西藏，消灭了拉藏汗。进入西藏的蒙古人又正式册封罗桑曲吉坚赞为班禅。此后，五世达赖联合清朝政府，赶走了蒙古人。1653年，清朝顺治皇帝正式册封
五世达赖，达赖喇嘛由此成为西藏的最高统治者。
1662年，清朝康熙元年，罗桑曲吉坚赞去世。五世达赖感念其教诲的师恩，决定为其寻找转世灵童。从此，黄教的第二个活佛转世系统，班禅活佛开始出现。按照黄教的辈分关系，罗桑曲吉坚赞被认定为四世班禅，前面三个“转世”的班禅都是追认的，一世班禅就是前文提到的宗喀巴的另一位弟子克珠杰。五世班禅名叫罗桑益西，1713年，清朝康熙皇帝正式册封五世班禅“班禅额尔德尼”的封号。
由此，我们看到达赖和班禅两个活佛转世系统的关系，虽然班禅转世系统实际上比达赖转世系统要晚出现100多年，但是，他们都源自于黄教创始人宗喀巴的弟子，一世班禅还是一世达赖的“师哥”。当罗桑曲吉坚赞保住了达赖的传承后，他们联合清朝，获得西藏的统治权，其实也是“黄教”的胜利。从此，西藏的其他教派，在地位上都无法超过“黄教”。西藏从此也真正进入“政教合一”的统治方式。
由于达赖和班禅都是朝廷正式册封的，因此这两个活佛系统的地位也远高于其他活佛转世系统。清朝册封两个活佛系统，也有互相牵制的意思。在历史上，班禅与达赖都是互为师生。由于转世灵童都有一个教育培养的过程，因此，当达赖年幼时，班禅就担负领导和教师的责任；反之，当班禅年幼时，达赖就承担领导和教师的责任。从这个意义上说，达赖与班禅的地位是一样的。只是由于达赖的常驻地在拉萨，而班禅的常驻地在后藏，因此，达赖在世俗社会的重要性似乎要高一点。