真菌DNA提取的六种方法

真菌DNA 提取方法

方法一:

取出约0.1 g 菌丝体, 加入1 mL 裂解缓冲液( Tris-HCl 100 mmol/L (p H 9.0) ; EDTA 100 mmol/ L ;NaCl 400 mmol/L ;2 %SDS) ,加入少许石英砂, 在研钵中将菌丝进行充分研磨。将菌体移入1.5 mL 的离心管中, 于65℃水浴保温30 min ,每10 min 取出充分混匀1 次。加入等体积的苯酚∶氯仿∶异戊醇(体积比为24 ∶24 ∶1) ,轻轻混匀5min ,12 000 r/ min 离心10 min 。吸取上清液, 加入等体积氯仿, 轻摇5 min ,12 000r/ min 离心10 min 。收集上清液, 加入0.75 倍体积的异丙醇沉淀DNA ,用70 %乙醇冲洗2~3 次后自然风干, 加入500μL 1 ×TE 缓冲液溶解DNA 。加入2 μL RNase( 10 mg/ mL ) , 37 ℃水浴保温30min 。加入等体积苯酚∶氯仿(体积比为1 ∶1) , 轻摇5 min ,12 000 r/ min 离心10 min 。取上清液加入等体积氯仿, 轻摇5 min ,12 000 r/ min 离心10 min 。吸取上清液, 用2 倍体积的无水乙醇沉淀DNA , -20 ℃短暂放置后,12 000 r/ min 离心。用70 %的乙醇洗涤沉淀DNA 2 次, 自然风干后溶于适量0.1 ×TE 缓冲液中, 贮存于- 20 ℃备用。

方法二

1. 实验试剂

(1)DNA 提取液:0.2M Tris-HCl(pH 7.5),0.5M NaCl,0.01M EDTA,1%SDS

(2)3M NaAc

(3)TE :10 mmol/L Tris-HCl pH8.0,1 mmol/L EDTA

(4)酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)

(5)氯仿:异戊醇(24:1)

(6)异丙醇

(7)无水乙醇

(8)75%乙醇

(9)RNaseA

2. 实验步骤

(1)取真菌菌丝0.5g, 在液氮中迅速研磨成粉

(2)加入4mL 提取液,快速振荡混匀

(3)加入等体积的4mL 的氯仿:异戊醇(24:1),涡旋3~5min (此处是粗提没有加酚,可以节约成本)

(4)1000rpm ,4℃,5min

(5)上清用氯仿:异戊醇(24:1)再抽提一次(10,000rpm ,4℃离心5min )

(6)取上清,加入2/3倍体积的-20℃预冷异丙醇或2.5倍体积的无水乙醇沉淀, 混匀, 静置约30 min

(7)用毛细玻棒挑出絮状沉淀,用75%乙醇反复漂洗数次,再用无水乙醇漂洗1次,吹干,重悬于500ul TE 中

(8)加入1ul RNaseA (10mg/mL),37℃处理1h

(9)用酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)和氯仿:异戊醇(24:1)各抽提1次(10,000rpm ,4℃离心5min )

(10)取上清,1/10V 3M NaAc,2.5V 体积的无水乙醇,-70℃沉淀30min 以上。

(11)沉淀用75%乙醇漂洗,风干,溶于20ul TE中,-20℃保存备用。

方法三

实验步骤:

1. 真菌菌丝0.5-1g ,在液氮中迅速研磨成粉

2. 加入3mL 65℃预热的DNA 提取缓冲液,快速振荡混匀65℃水浴30min ,期间混匀2-3次

3. 加入1mL 5M KAc,冰浴20min

4. 氯仿:异戊醇(24:1)抽提1次(10,000rpm ,4℃离心5min )

5. 取上清,加入2/3倍体积的-20℃预冷异丙醇,混匀,静置约30 min

6. 用毛细玻棒挑出絮状沉淀,用75%乙醇反复漂洗数次,再用无水乙醇漂洗1次,吹干,重悬于500ul TE 中

7. 加入1ul RNaseA(10mg/mL),37℃处理1h

8. 用酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)和氯仿:异戊醇(24:1)各抽提1次(10,000rpm ,4℃离心5min )

9. 取上清,1/10V 3M NaAc,2.5V 体积的无水乙醇,-70℃沉淀30min 以上

10. 沉淀用75%乙醇漂洗,风干,溶于200ul TE中,-20℃保存备用

DNA 提取缓冲液:100mM Tris-HCl (pH8.0),20mM EDTA (pH8.0),1.5M NaCl ,2% CTAB(W/V),4% PVP40

(W/V)和2%巯基乙醇(V/V),PVP 和巯基乙醇使用前加入5M KAc

方法二和三,是大同小异。主要是DNA 提取液配方不一样!成本也不一样!

方法四:CTAB 法:

取少许新鲜菌体,加液氮研磨,加入3 ml 2%CTAB(加PVP) ,装管;65 ℃水浴45 min,13000 r/min 离心10 min ;取上清(水相)于一新离心管中,加等体积的酚/氯仿/异戊醇(25∶24∶1),12000 r/min 离心10 min;取上清,加等体积的氯仿/异戊醇(24∶1),12000 r/min 离心10 min;取上清,加2 L 的无水乙醇和NaCl 溶液,-20 ℃ 沉淀30 min ,12 000 r/min 离心20 min ;收集沉淀,75%酒精冲洗,超净台真空干燥;100 μl TE 溶解DNA ,-20 ℃保存备用。加入1 μl 的RNA 酶,37 ℃水浴1 h;加入400 μl 氯仿/异戊醇(24∶1),12000 r/min 离心10 min,重复2次。

方法五:SDS 法:

取200 mg 菌体,液氮研磨,加入400 μl SDS 提取缓冲液;65 ℃水浴45 min ,13000 r/min 离心5 min ;取上清转到离心管中,加等体积的酚/氯仿/异戊醇(25∶24∶1);摇匀,离心5 min ,取上清,加等体积的氯仿/异戊醇;摇匀,离心3 min,取上清,加入2 倍体积的无水乙醇和2 mol/L NaCl,-20 ℃沉淀30 min,12 000 r/min 离心20 min;去上清,70%酒精冲洗,超净工作台倒置进行真空干燥;加500 μl TE,加2 μl 的RNA 酶,37 ℃水浴1 h;加入800 μl 氯仿/异戊醇(24∶1),12000 r/min 离心10 min,重复2 次,余下的步骤和CTAB 相同。

方法六:改良的CTAB 法:

取200 mg菌体,液氮研磨,加入3 ml 3% CTAB提取缓冲液;65 ℃水浴45 min,40 ℃ 4000 r/min离心20 min;取上清转到离心管中,加入4 μl 10 mg/ml 蛋白酶,37 ℃水浴1 h;加入800 μl Tris饱和酚,摇匀,13000 r/min 离心10min ;取上清,加入等体积的氯仿/异戊醇,摇匀,13000 r/min 离心10 min;取上清,加10 mg/ml 的RNA 酶,37 ℃水浴过夜处理;加入800 μl 氯仿/异戊醇,摇匀,13000 r/min 离心10 min;取上清,加600 μ l 异戊醇,-20 ℃沉淀30 min,余下步骤同上。

3.DNA 的检测

DNA 样品在0.8 %的琼脂糖凝胶上进行电泳, 加入4μL DNA 样品以6*10loading Buffer 1ml,作为分子标记,100 V 电压下电泳30 min ,EB溶液染色15-20min, 紫外灯下观察拍照。

真菌DNA 提取方法

方法一:

取出约0.1 g 菌丝体, 加入1 mL 裂解缓冲液( Tris-HCl 100 mmol/L (p H 9.0) ; EDTA 100 mmol/ L ;NaCl 400 mmol/L ;2 %SDS) ,加入少许石英砂, 在研钵中将菌丝进行充分研磨。将菌体移入1.5 mL 的离心管中, 于65℃水浴保温30 min ,每10 min 取出充分混匀1 次。加入等体积的苯酚∶氯仿∶异戊醇(体积比为24 ∶24 ∶1) ,轻轻混匀5min ,12 000 r/ min 离心10 min 。吸取上清液, 加入等体积氯仿, 轻摇5 min ,12 000r/ min 离心10 min 。收集上清液, 加入0.75 倍体积的异丙醇沉淀DNA ,用70 %乙醇冲洗2~3 次后自然风干, 加入500μL 1 ×TE 缓冲液溶解DNA 。加入2 μL RNase( 10 mg/ mL ) , 37 ℃水浴保温30min 。加入等体积苯酚∶氯仿(体积比为1 ∶1) , 轻摇5 min ,12 000 r/ min 离心10 min 。取上清液加入等体积氯仿, 轻摇5 min ,12 000 r/ min 离心10 min 。吸取上清液, 用2 倍体积的无水乙醇沉淀DNA , -20 ℃短暂放置后,12 000 r/ min 离心。用70 %的乙醇洗涤沉淀DNA 2 次, 自然风干后溶于适量0.1 ×TE 缓冲液中, 贮存于- 20 ℃备用。

方法二

1. 实验试剂

(1)DNA 提取液:0.2M Tris-HCl(pH 7.5),0.5M NaCl,0.01M EDTA,1%SDS

(2)3M NaAc

(3)TE :10 mmol/L Tris-HCl pH8.0,1 mmol/L EDTA

(4)酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)

(5)氯仿:异戊醇(24:1)

(6)异丙醇

(7)无水乙醇

(8)75%乙醇

(9)RNaseA

2. 实验步骤

(1)取真菌菌丝0.5g, 在液氮中迅速研磨成粉

(2)加入4mL 提取液,快速振荡混匀

(3)加入等体积的4mL 的氯仿:异戊醇(24:1),涡旋3~5min (此处是粗提没有加酚,可以节约成本)

(4)1000rpm ,4℃,5min

(5)上清用氯仿:异戊醇(24:1)再抽提一次(10,000rpm ,4℃离心5min )

(6)取上清,加入2/3倍体积的-20℃预冷异丙醇或2.5倍体积的无水乙醇沉淀, 混匀, 静置约30 min

(7)用毛细玻棒挑出絮状沉淀,用75%乙醇反复漂洗数次,再用无水乙醇漂洗1次,吹干,重悬于500ul TE 中

(8)加入1ul RNaseA (10mg/mL),37℃处理1h

(9)用酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)和氯仿:异戊醇(24:1)各抽提1次(10,000rpm ,4℃离心5min )

(10)取上清,1/10V 3M NaAc,2.5V 体积的无水乙醇,-70℃沉淀30min 以上。

(11)沉淀用75%乙醇漂洗,风干,溶于20ul TE中,-20℃保存备用。

方法三

实验步骤:

1. 真菌菌丝0.5-1g ,在液氮中迅速研磨成粉

2. 加入3mL 65℃预热的DNA 提取缓冲液,快速振荡混匀65℃水浴30min ,期间混匀2-3次

3. 加入1mL 5M KAc,冰浴20min

4. 氯仿:异戊醇(24:1)抽提1次(10,000rpm ,4℃离心5min )

5. 取上清,加入2/3倍体积的-20℃预冷异丙醇,混匀,静置约30 min

6. 用毛细玻棒挑出絮状沉淀,用75%乙醇反复漂洗数次,再用无水乙醇漂洗1次,吹干,重悬于500ul TE 中

7. 加入1ul RNaseA(10mg/mL),37℃处理1h

8. 用酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)和氯仿:异戊醇(24:1)各抽提1次(10,000rpm ,4℃离心5min )

9. 取上清,1/10V 3M NaAc,2.5V 体积的无水乙醇,-70℃沉淀30min 以上

10. 沉淀用75%乙醇漂洗,风干,溶于200ul TE中,-20℃保存备用

DNA 提取缓冲液:100mM Tris-HCl (pH8.0),20mM EDTA (pH8.0),1.5M NaCl ,2% CTAB(W/V),4% PVP40

(W/V)和2%巯基乙醇(V/V),PVP 和巯基乙醇使用前加入5M KAc

方法二和三,是大同小异。主要是DNA 提取液配方不一样!成本也不一样!

方法四:CTAB 法:

取少许新鲜菌体,加液氮研磨,加入3 ml 2%CTAB(加PVP) ,装管;65 ℃水浴45 min,13000 r/min 离心10 min ;取上清(水相)于一新离心管中,加等体积的酚/氯仿/异戊醇(25∶24∶1),12000 r/min 离心10 min;取上清,加等体积的氯仿/异戊醇(24∶1),12000 r/min 离心10 min;取上清,加2 L 的无水乙醇和NaCl 溶液,-20 ℃ 沉淀30 min ,12 000 r/min 离心20 min ;收集沉淀,75%酒精冲洗,超净台真空干燥;100 μl TE 溶解DNA ,-20 ℃保存备用。加入1 μl 的RNA 酶,37 ℃水浴1 h;加入400 μl 氯仿/异戊醇(24∶1),12000 r/min 离心10 min,重复2次。

方法五:SDS 法:

取200 mg 菌体,液氮研磨,加入400 μl SDS 提取缓冲液;65 ℃水浴45 min ,13000 r/min 离心5 min ;取上清转到离心管中,加等体积的酚/氯仿/异戊醇(25∶24∶1);摇匀,离心5 min ,取上清,加等体积的氯仿/异戊醇;摇匀,离心3 min,取上清,加入2 倍体积的无水乙醇和2 mol/L NaCl,-20 ℃沉淀30 min,12 000 r/min 离心20 min;去上清,70%酒精冲洗,超净工作台倒置进行真空干燥;加500 μl TE,加2 μl 的RNA 酶,37 ℃水浴1 h;加入800 μl 氯仿/异戊醇(24∶1),12000 r/min 离心10 min,重复2 次,余下的步骤和CTAB 相同。

方法六:改良的CTAB 法:

取200 mg菌体,液氮研磨,加入3 ml 3% CTAB提取缓冲液;65 ℃水浴45 min,40 ℃ 4000 r/min离心20 min;取上清转到离心管中,加入4 μl 10 mg/ml 蛋白酶,37 ℃水浴1 h;加入800 μl Tris饱和酚,摇匀,13000 r/min 离心10min ;取上清,加入等体积的氯仿/异戊醇,摇匀,13000 r/min 离心10 min;取上清,加10 mg/ml 的RNA 酶,37 ℃水浴过夜处理;加入800 μl 氯仿/异戊醇,摇匀,13000 r/min 离心10 min;取上清,加600 μ l 异戊醇,-20 ℃沉淀30 min,余下步骤同上。

3.DNA 的检测

DNA 样品在0.8 %的琼脂糖凝胶上进行电泳, 加入4μL DNA 样品以6*10loading Buffer 1ml,作为分子标记,100 V 电压下电泳30 min ,EB溶液染色15-20min, 紫外灯下观察拍照。


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