SDS－聚丙烯酰胺凝胶 垂直板电泳分离蛋白质 （碱性磷酸酶纯度的鉴定）
Sodium Dodecyl Sulfate PolyAcrylamide Gel Electrophoresis
厦
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SDS-PAGE的应用
• 1. Determining sample purity —— 蛋白质纯度分 析； • 2. Establishing protein size —— 蛋白质分子量的 测定，根据迁移率大小测定蛋白质亚基的分子量；
• 6. Blotting applications —— 免疫印迹的第一步； • 7. identifying post-translational modification of proteins —— 蛋白质修饰的鉴定…
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• 5. Protein identification —— 蛋白的鉴定；
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• 3. Quantifying proteins —— 蛋白质定量分析；
实验目的
1.掌握电泳技术的基本原理。 2.掌握SDS-PAGE检测蛋白质分子的原理和技术。
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1. 电泳技术的基本原理
Electrophoresis, also called cataphoresis, is the motion of dispersed particles relative to a fluid under the influence of a spatially uniform electric field
电泳：带电粒子在电场中的定向移动。 影响泳动率u的因素 内因：1.净电荷 2.质点大小 3.质点形状
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外因：1.V ( U/L) 2.缓冲液的pH (pH恒定) 3.离子强度[I] 最适:0.02-0.2 4.电渗：液体对固体支持物的相对移动
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2. SDS-PAGE电泳原理
聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺 (Acr) 和交联剂N，N’—亚甲 基双丙烯酰胺（Bis）在催化剂作用下，聚合交联而成的具有网 状立体结构的凝胶，并以此为支持物进行电泳。 推力：电荷（E）吸引；阻力：凝胶（PAG）阻碍物质运动 聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）可根据不同蛋白质分子所带 电荷的差异及分子大小的不同将蛋白质分离成若干条区带。 SDS（十二烷基 酸钠）与蛋白质结合, 掩盖各种蛋白分子 间天然的电荷差异。因此，各种蛋白质-SDS 复合物在电泳时 的迁移率，不再受原有电荷和分子形状的影响，而只与分子大 小相关。
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硫
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2.1.蛋白样品浓缩效应
在不连续电泳系统中，含有上、下槽缓冲液(running buffer： Tris-Gly，pH8.3)、浓缩胶缓冲液(stacking gel buffer：TrisHCl，pH6.8)、分离胶缓冲液 (seperating gel buffer：Tris-HCl，pH8.8) 。 浓缩胶：Cl-（墙）> Pr- > Gly (电中性-消失） 由于Cl-很快超过蛋白离子，因此在其后面形成一个电导 较低、电位梯度较陡的区域，该区电位梯度最高，这是在电 泳过程中形成的电位梯度的不连续性，导致蛋白质和Gly- 离 子加快移动，结果使蛋白质在进入分离胶之前，快、慢离子 之间浓缩成一薄层，有利于提高电泳的分辨率。
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2.2. 分子筛效应
蛋白质离子进入
分离胶后，其pH 升高，使Gly 解离成负离子 的效应增加；同时因凝胶的浓度升高，蛋白质的泳动受到影 响，迁移率急剧下降。 分离胶：Cl- > Gly- > Pr-
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高电压梯度不复存在，蛋白质便在一个较均一的pH 和电压 梯度环境中，按其分子的大小移动。
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2. SDS-PAGE电泳原理
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电泳过程示意图 A为电泳前3层凝胶排列顺序，3层胶中均有快离子，慢离子 B显示电泳开始后，蛋白质样品夹在快、慢离子之间被浓缩成极窄的区带。 C显示蛋白质样品分离成数个区带。
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Cl-
glycine sample
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3. 样品处理
1） 上样缓冲液（样品缓冲液）： SDS：使蛋白变性，带上均一负电荷 β-mercaptoethonol：还原剂，破坏二硫键，打破蛋白 高级结构 电泳指示染料：溴酚蓝（bromophenoblue）
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2） 煮沸：促进还原剂破坏二硫键，促进SDS和蛋白 结合
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sucrose（glycerol）：帮助将样品沉入上样孔内
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4. 电泳完毕后的检测
1）考马斯亮蓝染色（R250） 2）银染 3）western blot 4）质谱分析
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试剂和器材
1. 试剂
1% 琼脂(糖)溶液 样品稀释液， 凝胶贮液(30 % Acr－0.8 %Bis)， 10%过硫酸铵(APS)， 10% TEMED ， 分离胶缓冲液(3.0 M pH 8.9 Tris-HCl缓冲液) Tris-Glycine电极缓冲液(pH 8.3) 染色液， 脱色液 浓缩胶缓冲液(0.5 M pH6.7 Tris-HCl缓冲液)
2. 器材
微量移液器， EP管
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垂直板电泳槽，直流稳压电源 ，微量进样器 ，玻璃板
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实验步骤
1. 装板 将平、凹玻璃板洗干净，和边胶条一同安装在 制胶架上，用燕尾夹固定好电泳板。用琼脂将玻 璃板的两侧和底部封住。
注意安装要平衡、紧密，不漏胶。
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2. 配胶
本实验采用不连续体系，分离胶浓度10.0 %，浓缩胶浓度为5%，具体 操作见下表: 试剂名称 凝胶贮液 分离胶缓冲液 (pH 8.9 Tris-HCl) 浓缩胶缓冲液 (pH 6.7 Tris-HCl) 10%TEMED 10%SDS 重蒸水 10%过硫酸铵 配制10 mL 10%分离胶 所需试剂用量（mL） 3.33 1.25 — 0.05 0.1 配制5 mL 5%浓缩胶 所需试剂用量（mL） 0.83 — 0.625 0.025 0.05 3.445 0.10
*浓缩胶的10%过硫酸铵应在分离胶凝固后，灌浓缩胶之前加入。
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5.22 0.15
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3. 制备凝胶板（每一组制备一块板）
（1）将混合后的分离胶溶液，迅速加至长、短玻璃板间的窄缝内，加 胶高度距样品模板梳齿下缘约1 cm。用1 ml 移液器在凝胶表面沿短玻璃 板边缘轻轻加一层水。用于隔绝空气，使胶面平整。 （2）约15-30 min凝胶完全聚合
，则可看到水与凝固的胶面有折射率不 同的界线，倒去水，用滤纸条吸去多余的水，但不要碰破胶面。 （3）将混合均匀后的浓缩胶溶液，迅速加到分离胶上方，距短玻璃上 合凝固。
即可加样。
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过凹玻璃板约0.5 cm，小心拔掉梳子，并清理点样孔并清除凝胶板底部的气泡，
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（4）将凝胶板从制胶架中取下。安装到电泳槽上，加入电极缓冲液，使液面没
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缘0.5 cm处，轻轻加入梳子，静置电泳槽， 20 min 左右，浓缩胶即可聚
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4. 样品处理 1. 粗提碱性磷酸酶 2. 过柱纯化透析后的碱性磷酸酶 100 µ l样品+30 µ l 5*SDS 样品缓冲液（上样缓冲液）后煮沸3 min 3. 10 µ l 标准分子量对照（molecular weight marker）（分格两 组样品）
将样品加到凝胶凹形样品槽底部，由于样品溶解液中含有比重 样品层。待所有凹形样品槽内都加到了样品，即可开始电泳。
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较大的蔗糖或甘油，因此样品溶解液会自动沉降在凝胶表形成
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5. 加样（挑选一块质量好的胶板，每两组样品上一块板上） 取50µl样品，微量进样器（移液枪）通过缓冲液，小心地
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6. 电泳 将直流稳压电泳仪的正极与下槽连接，负极与上槽连接(方 向切勿接错)，打开电泳仪开关，开始时将电流调至10 mA。待 样品进入分离胶后，将电流调至20-30 mA。当溴酚蓝染料迁移 至距离硅胶框下缘1 cm时，将电流调回到零，关电源。取下凝 胶板，用不锈钢铲轻轻将玻璃板撬开移去，在胶板一端切除一 7. 固定和染色 。 角作为标记，将胶板移至大培养皿中染色。 使染色液没过胶块，微波炉略微加热，置脱色摇床染色5 min 8. 脱色：用脱色液浸泡漂洗2次后用DDW继续浸泡脱色数次 9.凝胶成像。
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，直到背景蓝色褪去。
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SDS-PAGE测定蛋白质分子量
标准Marker蛋白的电泳图谱
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注意事项
1. Ac-bis 凝固前有毒，戴手套小心操作。 2. 装板后，要小心用琼脂封胶，避免漏胶。 3. 取出梳子要两端同时用力，防止胶孔变形。 4. 加样时，注意微量进样器不要碰破胶面。 5. 将电泳板安装到电泳槽上后，要除去凝胶底部 的气泡和多余琼脂。
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7. 染色液加热要适度
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6. 拆板要小心，避免破坏凝胶和玻璃板。
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思考题
为什么要在样品中加少许溴酚兰和一定浓度的 甘油溶液？甘油及溴酚兰的作用分别是什么？
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SDS-PAGE “hall of shame”
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•
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这 块胶倒胶不正确，在上部胶倒入制胶槽之前就已 经发生聚合。
首先倒入的胶聚合发生的太快了。与其 重新倒胶，不如停止倒胶重新准备新的聚丙烯酰胺混 合液，然后 将新的胶倒入旧胶的上方。但是显然这 种连接不是非常牢固。（我推荐重新倒胶，制胶很关 键，如果你后续还要做blot，胶没有跑好浪费太多 了！）
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症状1——涂抹痕迹（smears） 涂抹痕迹——例1 涂抹痕迹可能由于多种原因引起，但是最常见的原因 是聚丙烯酰胺凝胶倒胶的不均匀或者上样量过大。
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涂抹痕迹——例2 这块胶每孔上样量过大。大多数的泳道还是能分清条带，但是在3、4道涂抹 痕迹非常明显。这些泳道的样品主要含有一种蛋 白（血红蛋白的亚基）， 与9、10道一样。但是，3、4道的样品低估了红细胞裂解物和红细胞胞浆组 分中的蛋白含量。这些组分包含了过多的蛋白以至于样品需 要稀释后才能 进行蛋白含量测定。但是这名学生却忘记了这个样品已经稀释过了，因此造 成了蛋白浓度的低估。（严重的失误啊！） 小型胶每孔的蛋白样品的量为20-40微克，取决于所需的分辨率和混合液中 包含的多肽数目。但是，如果是一个纯化样品上样，一个带包含了20-40微 克蛋白，那么其结果肯定也是一团糟！
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涂抹痕迹——例4 涂抹痕迹可能常见于用非连续胶跑膜相关蛋白这类脂质含量丰富的样品。在 非连续PAGE中，样品蛋白基于两个因素而被超 浓缩。首先，当样品从非限 制性的积层胶移动至限制速度的分离胶时迁移速率陡然下降。其次，也是最 重要的，PH变化造成蛋白样品电泳速率的改变，导致样品突 然停滞。一个高 约半厘米左右的样品被压缩成为一个仅为数微米厚的薄层条带，局部蛋白浓 度急剧增加。 胞膜相关蛋白一般于较低浓度是沉淀，因此泳道的顶部通常有一条神色的条 带含有沉淀的蛋白。当电泳进行时沉淀的蛋白重新溶解然后持续进入凝胶， 因此造成了一个持续性的较深的不可分辨的背景。许多膜相关蛋白的凝胶图 像都显示同样的特征。 上图中4、7道的蛋白样品虽然含有相同的蛋白量，但是第4道的样品中含有的 膜蛋白的量超过了凝胶的分辨能力，造成了很深的涂抹痕迹。
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• 症状2——条纹拖尾 条纹拖尾——例1 这个不是非常严重，有条纹拖尾的泳道（图中左边 第5道）也是可以用的。条纹的出现是由于一 部分 膜组分中的高浓度蛋白在跑积层胶过程中析出然后 在很短的时间里又回到溶液中。由于分离胶表面存 在轻度的缺陷（可能是在倒积层胶之前分离胶干了 一些）， 造成整个泳道的蛋白浓度的不一致，使 得出现这种
条纹拖尾症状，而不是一致的很深的背 景。
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•
条纹拖尾——例3 这块胶就非常难看了。原因在于分离胶倒完之后没有用水或者异丙醇压胶， 导致分离叫上缘非常粗燥，就像你看到的一样。当样品堆积在凹凸不平的分 界线时，位于凹陷部位的蛋白由于不能适当的浓缩就析出来了。然后再跑胶 过程中逐渐溶解造成了条纹拖尾症状。
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• 条带过浅——例4 这是你可能遇到的问题中比较让人沮丧的。我们可 以说你是非常仔细的，把每件事都做得倾向于完美， 跑胶直到溴酚蓝前沿非 常平直的落在胶的最底部。 你用去离子水冲洗凝胶，然后将其置于摇床震荡。 在这天稍晚些时候你发现你忘了将凝胶放到染色缸 里面。第二天染色结果就是上面的样 子了。 注意分子量较小的蛋白从胶上弥散较快，而较大分 子量的蛋白弥散很慢而能被染色。染色和脱色液中 的酸化甲醇是非常必要的，它可以固定蛋白阻止其 从聚丙烯酰胺基质上弥散。
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• 这两块胶由E. Morales Rayas提供。一种可 能的解释是可能这两次跑胶时在加样与 实际跑胶之间间隔时间太长。第一块胶 中间的几个泳道出现了增宽和压缩交替 的形式，而第二块胶的条带则向凝胶边 缘扩散。 当 蛋白样品加入上样孔后即开始弥散到 积层胶，同时向垂直和两侧发生（在没 有电场的情况下蛋白弥散的方向是随机 的，因此上样后必须尽快开始电泳）。 较小分子量 的蛋白弥散速度快于大分子 量的蛋白。如果蛋白横向扩散就会影响 邻近泳道的电场，特别是邻近的泳道蛋 白含量更高时。但是如果所有的样品组 成相似并序贯上样， 弥散造成的影响就 不是这么重要。但是仍然会造成条带的 失真。
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• 显然在实验室中用塑料瓶大量 储存Tris-甘氨酸电极缓冲工作 液并不是好主意。我们看不见 缓冲液中的霉菌，但是它确实 存在其中。注意脱色后这块胶 的指示剂下方都呈透明的颜色， 而胶的背景却仍然呈蓝色，说 明霉菌蛋白在整个电泳过程中 已经渗透到凝胶之中。
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SDS-PAGE的应用
• 1. Determining sample purity —— 蛋白质纯度分 析； • 2. Establishing protein size —— 蛋白质分子量的 测定，根据迁移率大小测定蛋白质亚基的分子量；
• 6. Blotting applications —— 免疫印迹的第一步； • 7. identifying post-translational modification of proteins —— 蛋白质修饰的鉴定…
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• 5. Protein identification —— 蛋白的鉴定；
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• 3. Quantifying proteins —— 蛋白质定量分析；
实验目的
1.掌握电泳技术的基本原理。 2.掌握SDS-PAGE检测蛋白质分子的原理和技术。
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1. 电泳技术的基本原理
Electrophoresis, also called cataphoresis, is the motion of dispersed particles relative to a fluid under the influence of a spatially uniform electric field
电泳：带电粒子在电场中的定向移动。 影响泳动率u的因素 内因：1.净电荷 2.质点大小 3.质点形状
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外因：1.V ( U/L) 2.缓冲液的pH (pH恒定) 3.离子强度[I] 最适:0.02-0.2 4.电渗：液体对固体支持物的相对移动
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2. SDS-PAGE电泳原理
聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺 (Acr) 和交联剂N，N’—亚甲 基双丙烯酰胺（Bis）在催化剂作用下，聚合交联而成的具有网 状立体结构的凝胶，并以此为支持物进行电泳。 推力：电荷（E）吸引；阻力：凝胶（PAG）阻碍物质运动 聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）可根据不同蛋白质分子所带 电荷的差异及分子大小的不同将蛋白质分离成若干条区带。 SDS（十二烷基 酸钠）与蛋白质结合, 掩盖各种蛋白分子 间天然的电荷差异。因此，各种蛋白质-SDS 复合物在电泳时 的迁移率，不再受原有电荷和分子形状的影响，而只与分子大 小相关。
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2.1.蛋白样品浓缩效应
在不连续电泳系统中，含有上、下槽缓冲液(running buffer： Tris-Gly，pH8.3)、浓缩胶缓冲液(stacking gel buffer：TrisHCl，pH6.8)、分离胶缓冲液 (seperating gel buffer：Tris-HCl，pH8.8) 。 浓缩胶：Cl-（墙）> Pr- > Gly (电中性-消失） 由于Cl-很快超过蛋白离子，因此在其后面形成一个电导 较低、电位梯度较陡的区域，该区电位梯度最高，这是在电 泳过程中形成的电位梯度的不连续性，导致蛋白质和Gly- 离 子加快移动，结果使蛋白质在进入分离胶之前，快、慢离子 之间浓缩成一薄层，有利于提高电泳的分辨率。
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2.2. 分子筛效应
蛋白质离子进入
分离胶后，其pH 升高，使Gly 解离成负离子 的效应增加；同时因凝胶的浓度升高，蛋白质的泳动受到影 响，迁移率急剧下降。 分离胶：Cl- > Gly- > Pr-
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2. SDS-PAGE电泳原理
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电泳过程示意图 A为电泳前3层凝胶排列顺序，3层胶中均有快离子，慢离子 B显示电泳开始后，蛋白质样品夹在快、慢离子之间被浓缩成极窄的区带。 C显示蛋白质样品分离成数个区带。
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3. 样品处理
1） 上样缓冲液（样品缓冲液）： SDS：使蛋白变性，带上均一负电荷 β-mercaptoethonol：还原剂，破坏二硫键，打破蛋白 高级结构 电泳指示染料：溴酚蓝（bromophenoblue）
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2） 煮沸：促进还原剂破坏二硫键，促进SDS和蛋白 结合
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4. 电泳完毕后的检测
1）考马斯亮蓝染色（R250） 2）银染 3）western blot 4）质谱分析
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试剂和器材
1. 试剂
1% 琼脂(糖)溶液 样品稀释液， 凝胶贮液(30 % Acr－0.8 %Bis)， 10%过硫酸铵(APS)， 10% TEMED ， 分离胶缓冲液(3.0 M pH 8.9 Tris-HCl缓冲液) Tris-Glycine电极缓冲液(pH 8.3) 染色液， 脱色液 浓缩胶缓冲液(0.5 M pH6.7 Tris-HCl缓冲液)
2. 器材
微量移液器， EP管
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1. 装板 将平、凹玻璃板洗干净，和边胶条一同安装在 制胶架上，用燕尾夹固定好电泳板。用琼脂将玻 璃板的两侧和底部封住。
注意安装要平衡、紧密，不漏胶。
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2. 配胶
本实验采用不连续体系，分离胶浓度10.0 %，浓缩胶浓度为5%，具体 操作见下表: 试剂名称 凝胶贮液 分离胶缓冲液 (pH 8.9 Tris-HCl) 浓缩胶缓冲液 (pH 6.7 Tris-HCl) 10%TEMED 10%SDS 重蒸水 10%过硫酸铵 配制10 mL 10%分离胶 所需试剂用量（mL） 3.33 1.25 — 0.05 0.1 配制5 mL 5%浓缩胶 所需试剂用量（mL） 0.83 — 0.625 0.025 0.05 3.445 0.10
*浓缩胶的10%过硫酸铵应在分离胶凝固后，灌浓缩胶之前加入。
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3. 制备凝胶板（每一组制备一块板）
（1）将混合后的分离胶溶液，迅速加至长、短玻璃板间的窄缝内，加 胶高度距样品模板梳齿下缘约1 cm。用1 ml 移液器在凝胶表面沿短玻璃 板边缘轻轻加一层水。用于隔绝空气，使胶面平整。 （2）约15-30 min凝胶完全聚合
，则可看到水与凝固的胶面有折射率不 同的界线，倒去水，用滤纸条吸去多余的水，但不要碰破胶面。 （3）将混合均匀后的浓缩胶溶液，迅速加到分离胶上方，距短玻璃上 合凝固。
即可加样。
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4. 样品处理 1. 粗提碱性磷酸酶 2. 过柱纯化透析后的碱性磷酸酶 100 µ l样品+30 µ l 5*SDS 样品缓冲液（上样缓冲液）后煮沸3 min 3. 10 µ l 标准分子量对照（molecular weight marker）（分格两 组样品）
将样品加到凝胶凹形样品槽底部，由于样品溶解液中含有比重 样品层。待所有凹形样品槽内都加到了样品，即可开始电泳。
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较大的蔗糖或甘油，因此样品溶解液会自动沉降在凝胶表形成
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6. 电泳 将直流稳压电泳仪的正极与下槽连接，负极与上槽连接(方 向切勿接错)，打开电泳仪开关，开始时将电流调至10 mA。待 样品进入分离胶后，将电流调至20-30 mA。当溴酚蓝染料迁移 至距离硅胶框下缘1 cm时，将电流调回到零，关电源。取下凝 胶板，用不锈钢铲轻轻将玻璃板撬开移去，在胶板一端切除一 7. 固定和染色 。 角作为标记，将胶板移至大培养皿中染色。 使染色液没过胶块，微波炉略微加热，置脱色摇床染色5 min 8. 脱色：用脱色液浸泡漂洗2次后用DDW继续浸泡脱色数次 9.凝胶成像。
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1. Ac-bis 凝固前有毒，戴手套小心操作。 2. 装板后，要小心用琼脂封胶，避免漏胶。 3. 取出梳子要两端同时用力，防止胶孔变形。 4. 加样时，注意微量进样器不要碰破胶面。 5. 将电泳板安装到电泳槽上后，要除去凝胶底部 的气泡和多余琼脂。
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6. 拆板要小心，避免破坏凝胶和玻璃板。
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为什么要在样品中加少许溴酚兰和一定浓度的 甘油溶液？甘油及溴酚兰的作用分别是什么？
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这 块胶倒胶不正确，在上部胶倒入制胶槽之前就已 经发生聚合。
首先倒入的胶聚合发生的太快了。与其 重新倒胶，不如停止倒胶重新准备新的聚丙烯酰胺混 合液，然后 将新的胶倒入旧胶的上方。但是显然这 种连接不是非常牢固。（我推荐重新倒胶，制胶很关 键，如果你后续还要做blot，胶没有跑好浪费太多 了！）
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症状1——涂抹痕迹（smears） 涂抹痕迹——例1 涂抹痕迹可能由于多种原因引起，但是最常见的原因 是聚丙烯酰胺凝胶倒胶的不均匀或者上样量过大。
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涂抹痕迹——例2 这块胶每孔上样量过大。大多数的泳道还是能分清条带，但是在3、4道涂抹 痕迹非常明显。这些泳道的样品主要含有一种蛋 白（血红蛋白的亚基）， 与9、10道一样。但是，3、4道的样品低估了红细胞裂解物和红细胞胞浆组 分中的蛋白含量。这些组分包含了过多的蛋白以至于样品需 要稀释后才能 进行蛋白含量测定。但是这名学生却忘记了这个样品已经稀释过了，因此造 成了蛋白浓度的低估。（严重的失误啊！） 小型胶每孔的蛋白样品的量为20-40微克，取决于所需的分辨率和混合液中 包含的多肽数目。但是，如果是一个纯化样品上样，一个带包含了20-40微 克蛋白，那么其结果肯定也是一团糟！
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涂抹痕迹——例4 涂抹痕迹可能常见于用非连续胶跑膜相关蛋白这类脂质含量丰富的样品。在 非连续PAGE中，样品蛋白基于两个因素而被超 浓缩。首先，当样品从非限 制性的积层胶移动至限制速度的分离胶时迁移速率陡然下降。其次，也是最 重要的，PH变化造成蛋白样品电泳速率的改变，导致样品突 然停滞。一个高 约半厘米左右的样品被压缩成为一个仅为数微米厚的薄层条带，局部蛋白浓 度急剧增加。 胞膜相关蛋白一般于较低浓度是沉淀，因此泳道的顶部通常有一条神色的条 带含有沉淀的蛋白。当电泳进行时沉淀的蛋白重新溶解然后持续进入凝胶， 因此造成了一个持续性的较深的不可分辨的背景。许多膜相关蛋白的凝胶图 像都显示同样的特征。 上图中4、7道的蛋白样品虽然含有相同的蛋白量，但是第4道的样品中含有的 膜蛋白的量超过了凝胶的分辨能力，造成了很深的涂抹痕迹。
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• 症状2——条纹拖尾 条纹拖尾——例1 这个不是非常严重，有条纹拖尾的泳道（图中左边 第5道）也是可以用的。条纹的出现是由于一 部分 膜组分中的高浓度蛋白在跑积层胶过程中析出然后 在很短的时间里又回到溶液中。由于分离胶表面存 在轻度的缺陷（可能是在倒积层胶之前分离胶干了 一些）， 造成整个泳道的蛋白浓度的不一致，使 得出现这种
条纹拖尾症状，而不是一致的很深的背 景。
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条纹拖尾——例3 这块胶就非常难看了。原因在于分离胶倒完之后没有用水或者异丙醇压胶， 导致分离叫上缘非常粗燥，就像你看到的一样。当样品堆积在凹凸不平的分 界线时，位于凹陷部位的蛋白由于不能适当的浓缩就析出来了。然后再跑胶 过程中逐渐溶解造成了条纹拖尾症状。
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• 条带过浅——例4 这是你可能遇到的问题中比较让人沮丧的。我们可 以说你是非常仔细的，把每件事都做得倾向于完美， 跑胶直到溴酚蓝前沿非 常平直的落在胶的最底部。 你用去离子水冲洗凝胶，然后将其置于摇床震荡。 在这天稍晚些时候你发现你忘了将凝胶放到染色缸 里面。第二天染色结果就是上面的样 子了。 注意分子量较小的蛋白从胶上弥散较快，而较大分 子量的蛋白弥散很慢而能被染色。染色和脱色液中 的酸化甲醇是非常必要的，它可以固定蛋白阻止其 从聚丙烯酰胺基质上弥散。
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• 这两块胶由E. Morales Rayas提供。一种可 能的解释是可能这两次跑胶时在加样与 实际跑胶之间间隔时间太长。第一块胶 中间的几个泳道出现了增宽和压缩交替 的形式，而第二块胶的条带则向凝胶边 缘扩散。 当 蛋白样品加入上样孔后即开始弥散到 积层胶，同时向垂直和两侧发生（在没 有电场的情况下蛋白弥散的方向是随机 的，因此上样后必须尽快开始电泳）。 较小分子量 的蛋白弥散速度快于大分子 量的蛋白。如果蛋白横向扩散就会影响 邻近泳道的电场，特别是邻近的泳道蛋 白含量更高时。但是如果所有的样品组 成相似并序贯上样， 弥散造成的影响就 不是这么重要。但是仍然会造成条带的 失真。
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• 显然在实验室中用塑料瓶大量 储存Tris-甘氨酸电极缓冲工作 液并不是好主意。我们看不见 缓冲液中的霉菌，但是它确实 存在其中。注意脱色后这块胶 的指示剂下方都呈透明的颜色， 而胶的背景却仍然呈蓝色，说 明霉菌蛋白在整个电泳过程中 已经渗透到凝胶之中。
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