白蚁肠道菌群宏基因组测序的目的

白蚁肠道菌群宏基因组测序的目的：

1. 白蚁肠道菌群的微生物区系

2. 挖掘白蚁肠道内纤维素降解相关基因：纤维素酶、半纤维素酶、木质素酶、固氮酶

3. 分析降解纤维素的相关菌群及相关基因，构建白蚁肠道内纤维素降解的代谢网络。

用ab initio gene-calling program fgenesb 软件分析所测得序列的基因信息（如ORF ），并用PhyloPythia 技术对基因信息进行分类组装确定基因所在的细菌种类。用MEGAN 软件直接比对程序与NCBI 分类数据库进行比对，对序列进行系统分类。在数据库IMG/M (http://www.jgi.doe.gov/m)分析测序数据，在http://www.kegg.com/和http://cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta_Pathways等中分析代谢木质纤维素降解的通路。用RPS-BLAST 分析功能基因的保守区和结构域。分析序列所对应的微生物种类，分析其中与木质纤维素降解相关的微生物的多样性和群落构成，分析木质纤维素降解功能基因或基因簇的分布和丰度，挖掘新的功能基因或基因簇。

黄适给我的建议是：

1. 找出四种白蚁的特殊性？各自的特性？

2. 着重解释扩头蔡白蚁的特点，和其他的区别？

3。重复得问题可以解决用技术重复

4. 目前所有的关于四种白蚁的研究的中英文文献发表情况，主要看关于问生物群落研究的，看能否找出特异的微生物, 最好说出应用价值。

徐建想知道也就是应用价值或者说是明确的优势。

白蚁肠道菌群宏基因组测序的目的：

1. 白蚁肠道菌群的微生物区系

2. 挖掘白蚁肠道内纤维素降解相关基因：纤维素酶、半纤维素酶、木质素酶、固氮酶

3. 分析降解纤维素的相关菌群及相关基因，构建白蚁肠道内纤维素降解的代谢网络。

用ab initio gene-calling program fgenesb 软件分析所测得序列的基因信息（如ORF ），并用PhyloPythia 技术对基因信息进行分类组装确定基因所在的细菌种类。用MEGAN 软件直接比对程序与NCBI 分类数据库进行比对，对序列进行系统分类。在数据库IMG/M (http://www.jgi.doe.gov/m)分析测序数据，在http://www.kegg.com/和http://cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta_Pathways等中分析代谢木质纤维素降解的通路。用RPS-BLAST 分析功能基因的保守区和结构域。分析序列所对应的微生物种类，分析其中与木质纤维素降解相关的微生物的多样性和群落构成，分析木质纤维素降解功能基因或基因簇的分布和丰度，挖掘新的功能基因或基因簇。

黄适给我的建议是：

1. 找出四种白蚁的特殊性？各自的特性？

2. 着重解释扩头蔡白蚁的特点，和其他的区别？

3。重复得问题可以解决用技术重复

4. 目前所有的关于四种白蚁的研究的中英文文献发表情况，主要看关于问生物群落研究的，看能否找出特异的微生物, 最好说出应用价值。

徐建想知道也就是应用价值或者说是明确的优势。


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