TALEN-小鼠-基因敲除流程

上海斯丹赛生物技术有限公司

SIDANSAI Biotechnology CO.,LTD

小鼠:

分 类 : 小 鼠 属 于 哺 乳 纲 ( Mammalia ) 、 啮 齿 目

( Rodentia )、鼠科( Muridae )、小鼠属( Mus )动物。 特 征:生长期短、成熟早、繁殖力强。 性成熟:6~7周。雌性35~50日龄,雄性45~60日龄; 体成熟:雌性为65~75日龄,雄性为70~80日龄;性周期为 4~5天,妊娠期为19~21天;哺乳期为20~22天;一 次排卵10~23个(视品种而定),每胎产仔数为8~15 只,一年产仔胎数6~10胎,属全年、多发情性动物, 繁殖率很高,生育期为一年。

确定靶基因

同源重组介导的小 鼠基因打靶流程

构建同源重组载体 载体线性化导入ES 筛选同源重组成功的ES ES显微注射囊胚

野生型

F0代(嵌合体)

野生型

野生型

F1代(杂合体)

F1代(杂合体)

野生型

F2代(杂合体) F2代(纯合体)

确定靶基因

TALEN介导的小 鼠基因打靶流程

构建TALEN载体 TALEN活性检测 体外转录mRNA 小鼠3T3细胞

注:KI加同源载体 Donor DNA

将mRNA注射入一细胞期受精卵

野生型

F0代(嵌合体)

野生型

野生型

F1代(杂合体)

F1代(杂合体)

野生型

F2代(杂合体)

F2代(纯合体)

Step1 设计TALEN打靶载体

 针对靶基因的两个不同位点分别设计一个2X3的TALEN组合

5’

3’

3’

5’

Spacer 12-21bp

Step2 构建TALEN打靶载体

通过FastTALETM一步连接法完成TALEN载体的构建

上游引物测序结果比对

下游引物测序结果比对

Step3 细胞水平TALEN活性验证

Day1:小鼠3T3细胞铺板 筛选出一对高活性的 TALEN质粒用于后续实验 Day2:Fugene 共转TALEN 左右臂质粒和EIP质粒 ①PCR产物测序结果 查看套峰

Day3:药物筛选 (puromycin, 1μg/ml)

②PCR产物进行TA克隆 测序,计算突变率

Day6:收集剩余细胞, 抽基因组DNA

PCR靶向序列片段, 扩增出500bp左右

在靶位点上下游设计PCR引物,对打靶后的细胞基因组 DNA进行PCR

PCR-F >200bp TALEN-L >200bp

TALEN-R

PCR-R

Marker 560bp

目的基因片段PCR扩增

活性检测方法①: PCR产物测序结果查看峰图

方法: TALEN质粒转染细胞 药物筛选,收集细胞提取基因组DNA PCR扩增

PCR产物测序

打靶效率中等的样品

活性检测方法②: PCR产物连T载体,单克隆测序计算突变率

 挑取30-50个克隆,将测序结果与目标基因的原始系列 进行比对,计算突变率。

注:图中第一排WT为原始序列,---表示缺失,红色为插入或置换。

Step4 体外转录生成mRNA

TALEN质粒线性化

根据载体所带启动子选择 相应试剂盒进行体外转录

mRNA浓度、纯度检测

原核启动子:sp6或T7 mRNA转录后的大小检测: 若片段大于1.5kb可用琼脂糖凝胶电泳检测;若片段较小,建议用聚 丙烯酰

胺凝胶电泳检测。

Step5 胚胎注射mRNA

TALEN左右臂 mRNA按1:1 比例混合

注射至一细胞 期受精卵 细胞质中

37℃培养24h 至二细胞期

移至代孕雌鼠 中,至小鼠 出生(3周)

注射浓度 300-500 ng/ul 注射体积:5-15 pl

Step6 F0代突变体小鼠检测

F0代小鼠剪尾, 抽提基因组DNA T7E1酶切鉴定法: 剪小鼠的尾巴或脚趾 提取基因组DNA PCR靶向基因序列 PCR扩增靶基因位点 PCR产物于94℃失活、50-60℃退火 T7E1酶切鉴定PCR 产物,进行初步筛选

T7E1酶37℃作用1h

琼脂糖凝胶电泳检测

PCR产物连TA克隆 进行测序,进一步确认 F0代突变体小鼠

Step7 获得F1代杂合体小鼠

F0代突变体小鼠 x 野生型小鼠

F1代小鼠剪尾, 抽提基因组DNA

F1代杂合子小鼠

PCR靶向基因序列

通过PCR产物测序 查看峰图及TA克隆 测序结果比对, 鉴定F1代杂合体小鼠

同源重组介导的knockout animal model

经由ES,同源重组打靶得到Knockout ES细胞系后,再注射到囊胚

TALEN介导的knockout animal model

无需经过ES阶段,直接注射到胚胎 进行打靶

打靶效率高 打靶效率低 TALEs特异性识别DNA碱基序列, Fok1切断双链DNA从而造成双链断裂 细胞内自然发生的同源染色体随机交换, (DSB),引入的DSB激活的DNA自我修 复引起基因的突变和促进靶位点DNA -6 -8 打靶效率通常只有10 至10 同源重组。外源引发DNA断裂,几率 高,提高几百倍甚至千倍 同源臂很长,一般3-5 kb, 克隆困难 周期长:12-18个月 成本高:12万 knockout 不需要同源序列 knockin 同源序列1 k以内,易于克隆 周期短:6-10个月 成本低:10万

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小鼠:

分 类 : 小 鼠 属 于 哺 乳 纲 ( Mammalia ) 、 啮 齿 目

( Rodentia )、鼠科( Muridae )、小鼠属( Mus )动物。 特 征:生长期短、成熟早、繁殖力强。 性成熟:6~7周。雌性35~50日龄,雄性45~60日龄; 体成熟:雌性为65~75日龄,雄性为70~80日龄;性周期为 4~5天,妊娠期为19~21天;哺乳期为20~22天;一 次排卵10~23个(视品种而定),每胎产仔数为8~15 只,一年产仔胎数6~10胎,属全年、多发情性动物, 繁殖率很高,生育期为一年。

确定靶基因

同源重组介导的小 鼠基因打靶流程

构建同源重组载体 载体线性化导入ES 筛选同源重组成功的ES ES显微注射囊胚

野生型

F0代(嵌合体)

野生型

野生型

F1代(杂合体)

F1代(杂合体)

野生型

F2代(杂合体) F2代(纯合体)

确定靶基因

TALEN介导的小 鼠基因打靶流程

构建TALEN载体 TALEN活性检测 体外转录mRNA 小鼠3T3细胞

注:KI加同源载体 Donor DNA

将mRNA注射入一细胞期受精卵

野生型

F0代(嵌合体)

野生型

野生型

F1代(杂合体)

F1代(杂合体)

野生型

F2代(杂合体)

F2代(纯合体)

Step1 设计TALEN打靶载体

 针对靶基因的两个不同位点分别设计一个2X3的TALEN组合

5’

3’

3’

5’

Spacer 12-21bp

Step2 构建TALEN打靶载体

通过FastTALETM一步连接法完成TALEN载体的构建

上游引物测序结果比对

下游引物测序结果比对

Step3 细胞水平TALEN活性验证

Day1:小鼠3T3细胞铺板 筛选出一对高活性的 TALEN质粒用于后续实验 Day2:Fugene 共转TALEN 左右臂质粒和EIP质粒 ①PCR产物测序结果 查看套峰

Day3:药物筛选 (puromycin, 1μg/ml)

②PCR产物进行TA克隆 测序,计算突变率

Day6:收集剩余细胞, 抽基因组DNA

PCR靶向序列片段, 扩增出500bp左右

在靶位点上下游设计PCR引物,对打靶后的细胞基因组 DNA进行PCR

PCR-F >200bp TALEN-L >200bp

TALEN-R

PCR-R

Marker 560bp

目的基因片段PCR扩增

活性检测方法①: PCR产物测序结果查看峰图

方法: TALEN质粒转染细胞 药物筛选,收集细胞提取基因组DNA PCR扩增

PCR产物测序

打靶效率中等的样品

活性检测方法②: PCR产物连T载体,单克隆测序计算突变率

 挑取30-50个克隆,将测序结果与目标基因的原始系列 进行比对,计算突变率。

注:图中第一排WT为原始序列,---表示缺失,红色为插入或置换。

Step4 体外转录生成mRNA

TALEN质粒线性化

根据载体所带启动子选择 相应试剂盒进行体外转录

mRNA浓度、纯度检测

原核启动子:sp6或T7 mRNA转录后的大小检测: 若片段大于1.5kb可用琼脂糖凝胶电泳检测;若片段较小,建议用聚 丙烯酰

胺凝胶电泳检测。

Step5 胚胎注射mRNA

TALEN左右臂 mRNA按1:1 比例混合

注射至一细胞 期受精卵 细胞质中

37℃培养24h 至二细胞期

移至代孕雌鼠 中,至小鼠 出生(3周)

注射浓度 300-500 ng/ul 注射体积:5-15 pl

Step6 F0代突变体小鼠检测

F0代小鼠剪尾, 抽提基因组DNA T7E1酶切鉴定法: 剪小鼠的尾巴或脚趾 提取基因组DNA PCR靶向基因序列 PCR扩增靶基因位点 PCR产物于94℃失活、50-60℃退火 T7E1酶切鉴定PCR 产物,进行初步筛选

T7E1酶37℃作用1h

琼脂糖凝胶电泳检测

PCR产物连TA克隆 进行测序,进一步确认 F0代突变体小鼠

Step7 获得F1代杂合体小鼠

F0代突变体小鼠 x 野生型小鼠

F1代小鼠剪尾, 抽提基因组DNA

F1代杂合子小鼠

PCR靶向基因序列

通过PCR产物测序 查看峰图及TA克隆 测序结果比对, 鉴定F1代杂合体小鼠

同源重组介导的knockout animal model

经由ES,同源重组打靶得到Knockout ES细胞系后,再注射到囊胚

TALEN介导的knockout animal model

无需经过ES阶段,直接注射到胚胎 进行打靶

打靶效率高 打靶效率低 TALEs特异性识别DNA碱基序列, Fok1切断双链DNA从而造成双链断裂 细胞内自然发生的同源染色体随机交换, (DSB),引入的DSB激活的DNA自我修 复引起基因的突变和促进靶位点DNA -6 -8 打靶效率通常只有10 至10 同源重组。外源引发DNA断裂,几率 高,提高几百倍甚至千倍 同源臂很长,一般3-5 kb, 克隆困难 周期长:12-18个月 成本高:12万 knockout 不需要同源序列 knockin 同源序列1 k以内,易于克隆 周期短:6-10个月 成本低:10万

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