进料加工深加工结转是指加工贸易企业将保税进口料件加工的产品转至另一加工贸易企业进一步加工后复出口的经营活动。对进料加工深加工结转国家税务总局共下发过一下文件：1.《国家税务总局关于〈印发出口货物退（免）税管理办法〉的通知》（ 国税发〔1994〕31号 ）第二十一条的规定：外商投资企业以来料加工、进料加工贸易方式加工货物销售给非外商投资企业出口的，不实行上述办法，须按照增值税、消费税的征税规定征收增值税、消费税，出口后按出口退税的有关规定办理退税；2.《国税发[1994]239号》文件规定，“外商投资企业用进口料件加工成品后不直接出口，而是转给另一承接进料加工的外商投资企业进行再加工、装配后出口的，可以免征生产环节的增值税、消费税。”3..《国税发[1996]123号》文件规定，外商投资企业从事“进料加工、来料加工”深加工结转业务的有关规定只适用于老企业之间开展。通过以上文件，只有在老企业之间开展的进料加工深加工结转业务免征增值税，其他企业应视同内销计征增值税，但由于上述文件已作废，以后出口退税政策多次更改，但均未再提及进料深加工结转的征退税问题。因此，各地对进料加工深加工结转业务的税务处理也不尽一致。青岛市国税局是这样规定的：
对深加工结转的转出企业的深加工结转收入单独计算增值税，实行税款挂帐、暂缓入库的办法；对转入企业的深加工结转转入的原材料、半成品也不能参与免抵退税的计算。即：以深结转方式购入的料件如：原材料和半成品等不按照加工贸易开具“进料加工贸易免税证明”
具体会计处理如下：
要单独核算深加工结转业务的应缴税金。。对进项税额划分不清楚的可以（也可以采取合理的方法）按照销售额的比例进行划分。对深加工结转企业直接从国外进口的原材料不能开具“进料加工贸易免税证明”。
1、 销项税额=深结转出口额/1+17%
根据总局有关文件规定，FOB价在2004年1月1日以前是不含税的，2004年1月1日起，FOB价为含税价。
2、 进项税额=当月全部进项税额*深结转出口额/全部销售额
3、 挂帐税款=销项税额—进项税额
每月终了进行帐务处理：-
1、 结转深加工结转应分担进项税额：
借：应交税金—应交增值税（深加工结转应负担进项）
贷：应交税金—应交增值税（进项税额转出）
2、月末将深结转挂帐税金转入“应交税金—应交增值税（转出未交增值税）：
借：应交税金—应交增值税（转出未交增值税）
贷：应交税金—未交增值税
应交税金—未交增值税帐户的贷方余额，反映未交的增值税，即深加工结转业务挂帐税金。
五、深加工结转企业的结转业务应开具出口发票，不能开具增值税专用发票和普通发票。
六、深加工结转转出企业应每月按照增值税的纳税申报规定及时对深加工结转业务单独进行手工申报。
进料加工深加工结转是指加工贸易企业将保税进口料件加工的产品转至另一加工贸易企业进一步加工后复出口的经营活动。对进料加工深加工结转国家税务总局共下发过一下文件：1.《国家税务总局关于〈印发出口货物退（免）税管理办法〉的通知》（ 国税发〔1994〕31号 ）第二十一条的规定：外商投资企业以来料加工、进料加工贸易方式加工货物销售给非外商投资企业出口的，不实行上述办法，须按照增值税、消费税的征税规定征收增值税、消费税，出口后按出口退税的有关规定办理退税；2.《国税发[1994]239号》文件规定，“外商投资企业用进口料件加工成品后不直接出口，而是转给另一承接进料加工的外商投资企业进行再加工、装配后出口的，可以免征生产环节的增值税、消费税。”3..《国税发[1996]123号》文件规定，外商投资企业从事“进料加工、来料加工”深加工结转业务的有关规定只适用于老企业之间开展。通过以上文件，只有在老企业之间开展的进料加工深加工结转业务免征增值税，其他企业应视同内销计征增值税，但由于上述文件已作废，以后出口退税政策多次更改，但均未再提及进料深加工结转的征退税问题。因此，各地对进料加工深加工结转业务的税务处理也不尽一致。青岛市国税局是这样规定的：
对深加工结转的转出企业的深加工结转收入单独计算增值税，实行税款挂帐、暂缓入库的办法；对转入企业的深加工结转转入的原材料、半成品也不能参与免抵退税的计算。即：以深结转方式购入的料件如：原材料和半成品等不按照加工贸易开具“进料加工贸易免税证明”
具体会计处理如下：
要单独核算深加工结转业务的应缴税金。。对进项税额划分不清楚的可以（也可以采取合理的方法）按照销售额的比例进行划分。对深加工结转企业直接从国外进口的原材料不能开具“进料加工贸易免税证明”。
1、 销项税额=深结转出口额/1+17%
根据总局有关文件规定，FOB价在2004年1月1日以前是不含税的，2004年1月1日起，FOB价为含税价。
2、 进项税额=当月全部进项税额*深结转出口额/全部销售额
3、 挂帐税款=销项税额—进项税额
每月终了进行帐务处理：-
1、 结转深加工结转应分担进项税额：
借：应交税金—应交增值税（深加工结转应负担进项）
贷：应交税金—应交增值税（进项税额转出）
2、月末将深结转挂帐税金转入“应交税金—应交增值税（转出未交增值税）：
借：应交税金—应交增值税（转出未交增值税）
贷：应交税金—未交增值税
应交税金—未交增值税帐户的贷方余额，反映未交的增值税，即深加工结转业务挂帐税金。
五、深加工结转企业的结转业务应开具出口发票，不能开具增值税专用发票和普通发票。
六、深加工结转转出企业应每月按照增值税的纳税申报规定及时对深加工结转业务单独进行手工申报。