LETTERSINBIOTECHNOLOGYVol.18No.3May,2007
文章编号:1009-0002(2007)03-0497-04
生物技术通讯
497
综述
细菌质粒复制的控制机制
赵月峨,朱舜亚综述;马永平审校
军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071[摘要]
通过分析细菌中质粒的存在状态和调控机制的相关研究进展,为研究细菌致病机理、机体免疫防护机制,分析确
定菌株的标识基因和标识分子,以及研究质粒表达调控分子机理提供思路,进而为应用基因工程手段构建筛选新的表达载体、研究新型疫苗候选株提供理论基础。[关键词]
质粒;复制;调控机制
[中图分类号]
Q78[文献标识码]A
ControlMechanismofBacterialPlasmidReplication
ZHAOYue-e,ZHUShun-ya,MAYong-ping
InsititueofMicrobiologyandEpidemiology,StateKeyLaboratoryofPathogenandBiosecurity,AcademyofMilitaryMedicalSciences,Beijing100071,China
[Abstract]
Inthispaper,theauthoranalyzedtheresearchdevelopmentrelatingtotheexistencestateandregulation
andprovidedaviablewaytostudythenosogenesisofbacteria,
Furthermore,
immuneprotective
mechanismofplasimdinbacteria,
mechanismoftheorganism,andtoanalyzethetaggeneandmoleculeofparticularbacteriastrain,understandtheplasimdexpressionregulationmoleculemechanism.
[Keywords]
theoreticalbasiscanbeestablishedforscreeningnewexpression
carrierandfindnewvaccinecandidatestrainbymeansofgeneengineering.
plasmidR replicationR controlmechanism
表达,以评估其胞内浓度的改变会对ori浓度和细胞生理产生何种影响。在许多(但不是全部)情况下,Rep蛋白和重复子一样,对复制具有双向调控作用,且视它们的胞内浓度而定,当胞内浓度低时起复制激活剂作用,胞内浓度高时则起抑制剂作用。
基于上述实验结果,先后提出了2个含重复子质粒的复制控制模型,即滴定模型(titrationmodel)和空间位阻模型(steric
质粒是细菌中能自主复制的染色体外遗传成分。它们能为宿主提供一些额外的功能,如抗药性和毒力等。为与宿主稳定地共存并把代谢负担减至最低,质粒必须控制自身的复制。在一定的生长条件下、在一定的宿主菌中,某一质粒的拷贝数(N)通常是一定的。对质粒是如何控制自身的复制已进行了大量研究[1-4]。
Pritchard等提出的负调控模型认为,一个质粒刚移入新宿主时,
负调节因子的浓度可忽略不计,质粒能在短时间内达到正常拷贝数,然后通过增加或减少每细胞周期每质粒拷贝的复制率来调节细胞中的质粒拷贝数,使该菌群体中各细胞的质粒拷贝数维持在平均值Nav附近的一个很小的波动范围内。进一步的研究表明,上述控制机制是通过质粒自编码的负控制系统调控复制起始而实现的,其负调控作用的控制元件就编码在质粒上。
依所用负控制元件的类型不同,质粒复制的控制系统主要有重复子控制和反义RNA控制2大类,后者又包括反义RNA单独控制和反义RNA与转录阻遏蛋白共同控制2类。我们拟对这3类控制元件及其控制机理做一简要介绍。
hindrancemodel)。滴定模型认为,Rep蛋白是复制起始的限速因
子,重复子能滴定Rep蛋白,从而限制复制起始的频率。后来发现大多数含重复子质粒的Rep蛋白均具有自阻遏作用,且在
R6K和RK2等系统中,胞内Rep蛋白的量大大超过了与重复子
饱和结合的需要。对于这些现象,滴定模型不能给出合理的解释。而空间位阻模型认为,决定质粒复制率的主要因素是重复子的浓度而不是Rep蛋白的表达水平。当质粒拷贝数较低时,Rep蛋白与重复子结合并饱和,促发复制起始;随着质粒拷贝数的增加,结合于某一起点重复子的Rep分子,开始与结合于另一起点重复子的Rep分子相互作用,并通过Rep-Rep相互作用把2个环状质粒分子偶联起来,形成“手铐”状的复合物[此模型亦因此而被称为“手铐”模型(“handcuffing”model)],导致这2个重复子区之间出现空间位阻而阻断复制的起始。在随后的细胞生长期间,这种质粒对也渐次分离,使各质粒分子的复制起始潜力得以恢复。不过,按此模型仍无法解释Rep蛋白的自调控问题。
[收稿日期]2006-10-25
[作者简介]赵月峨(1974-),女,博士研究生,
(E-mail)zhaoyuee@yahoo.com.cn
1重复子控制
在含重复子质粒的复制起点(ori),有一富AT区和多个重复
序列(重复子),质粒编码的复制起始蛋白Rep能以有序的方式与重复子结合,在控制质粒拷贝数方面起重要作用。Rep蛋白能以二体形式结合于操纵子/启动子(Op/Pr)区,反式作用,对其合成进行自我调节;它亦受转录控制,在可调控启动子控制下进行
498
对这个问题的解释看来有一定的难度。有些质粒如RK2,
LETTERSINBIOTECHNOLOGYVol.18No.3May,2007
调控。RNAⅠ长108nt,其序列与RNAⅡ的前108碱基序列完全互补,有3个茎-环和无结构的5'尾部。RNAⅠ与RNAⅡ互补区结合可改变后者的二级结构,使RNAⅡ的3'端不能与模板DNA杂交形成RNAⅡ-DNA杂交物,RNaseH就不能对RNAⅡ进行加工,从而阻断引物的生成,抑制复制的起始。遗传学和生物化学分析表明,RNAⅠ与RNAⅡ互补序列的相互作用最初发生在在从RNAⅠ5'端开这2种折叠分子中呈单链环而暴露的区域。
吻接”复合物(“始的过程中,这一初始接触形成所谓的“kissing”
生物技术通讯
Rep蛋白水平的下降对质粒的复制率没有明显影响;但对另一些
质粒如P1,Rep蛋白水平下降至1/2可使复制停止,增加4倍则可抑制复制。这些现象说明,至少在某些情况下,Rep蛋白的自调控机制对保持合适浓度的起始蛋白来说是重要的。故有人认为,在某些起始蛋白有限的质粒系统中,起始蛋白的滴定和配对是联合起作用的。
含重复子质粒的Rep蛋白在复制控制和自调控中的作用提示,能影响蛋白质-蛋白质或蛋白质-DNA相互作用的rep突变能增加质粒拷贝数。在质粒R6K中,增拷贝突变(copy-upmu-
complex),是该相互作用的限速步骤。RNAⅠ的启动子是组成型
的,故其数量与质粒拷贝数成正比,但不稳定。
在ColE1中还有一个质粒编码的控制元件Rom蛋白(又称
tation)能影响位于LZ模体和推定的π蛋白-DNA结合域之间的
一个32aa区,该区与起始蛋白的高序寡聚化(high-order
Rop蛋白),长63aa。Rom蛋白是RNA结合蛋白,它能增强RNAⅠ与RNAⅡ的相互作用,稳定RNAⅠ-RNAⅡ复合物,因而能加
强对复制的抑制作用,但在上述控制回路中只起辅助作用。
oligomerization)有关。在质粒pSC101和RK2中也观察到了类似
的现象。
除重复子和起始蛋白这2个基本因素外,探讨含重复子质粒的复制控制机制还需要考虑如下一些辅助因素。①有些含重复子的质粒在ori内外都有重复子存在。原则上,这会大大增加
2.2抑制前导肽翻译
这种作用方式的例子是质粒R1,它的基本复制子含有可读
前导肽TAP框copB、tap和repA,分别编码转录阻遏蛋白CopB、和起始必需蛋白RepA。tap和repA是翻译偶联的。RepA是复制的限速因子,以顺式作用,但不能重复使用,其复制控制在转录和转录后2个水平上进行。主控制元件是反义RNA,名为CopA,从repAmRNA前导区的一段互补链转录而来,长约90nt,有2个茎-环(一大一小),不稳定(半衰期为1~2min)。repAmRNA前导区中与之互补的这一段序列称为CopT。CopA也可通过吻接形式与CopT形成复合物。因repA的翻译需要tap的翻译(翻译偶联),故当CopA与CopT结合后,由于位阻效应阻碍了前导肽基因(tap)的翻译,进而抑制了RepA的合成,其抑制效率取决于吻接复合物形成的亲和力。能降低吻接复合物形成效率的copA突变可增加质粒的拷贝数,此时复制仍是可控的,但CopA完全失活则会使复制不可控。RNaseⅢ可特异地切割CopA-CopT复合物,这种切割对RepA的合成也有控制作用。有实验显示,
Rep介导的重复子配对的概率而降低复制率,且还会产生质粒分
子内的、与拷贝数无关的配对,故这种配对并不能矫正拷贝数对平均拷贝数的偏离。再则,ori内外重复子的作用也不尽相同。
RK2和P1的数据显示,作为负调控子,ori外的重复子要比ori
内的更有效,这可能与它们在数量和结构上的差异有关:在RK2中,辅助重复子能刺激复制起点间的初次配对;在P1中,复制调控的决定因素是辅助重复子的浓度而不是它们的相对排列。②
Rep蛋白不只能与重复子(DnaA盒)结合,它还有一些非重复子
的结合位点,如在RepIB/R1162(RSF1010)系统的富AT区内就有这样一个结合位点,Rep蛋白与之结合后,可通过直接抑制引物合成而对引发作用进行负调控。③一些宿主蛋白也会参与含重复子质粒的复制,它们或能直接与复制起点结合,或通过蛋白质-蛋白质相互作用进行补充。这不仅是因为复制机器(repli-
cationmachinery)是由细胞提供的,而且还因为有些宿主蛋白能
通过辅助Rep/重复子的装配来间接地调控质粒拷贝数。
CopA的大茎-环L1的结构对R1的复制控制有重要作用,对
而且,CopACopA和CopT的相互作用来说其最适大小为5~7nt。茎区凸起(bulge)的存在也是CopA在体外迅速与CopT形成复合物和在体内有效地起抑制作用所需要的。此外,这还能导致结构不稳定。CopA的结构-功能研究表明,质粒拷贝数(基因剂量)与CopA水平呈正相关,其复制率不依赖于质粒的拷贝数和宿主细胞的生长速率。由此可得:①当每个细胞的质粒拷贝数低于平均值时,每拷贝质粒的复制频率大于1;当细胞中质粒拷贝高于平均值时,则每拷贝质粒的复制频率小于1。②R1质粒拷贝数随宿主细胞生长速率的下降而增加。每个细胞的复制率不随质粒拷贝数而变,这将会缓慢地矫正其与平均质粒复制频率的偏离程度,因而能保持每个细胞的平均质粒拷贝数不变。
2反义RNA控制
原核的反义RNA是些小RNA分子,长35~150nt,有1~4
个茎-环(stem-loop),其序列与靶RNA(正义RNA)互补,以顺式或反式起作用,寿命较短。控制质粒拷贝数的反义RNA与靶转录物(targettranscript)即repmRNA5'端的一个区域互补,又称反转录RNA(countertranscribedRNA,ctRNA)。在一些质粒中,
ctRNA的抑制作用是在与靶RNA的配对区完成的;在另一些质
粒中,ctRNA-靶RNA双链体的形成导致靶转录物的构象发生改变并失活。ctRNA的作用方式有以下几种。
R1的第2个控制元件是CopB蛋白,缺失copB基因可使拷
贝数增加8倍,但克隆copB基因并不能对野生型R1质粒施与不相容性,表明它在正常情况下只起辅助作用。CopB为碱性蛋白,相对分子质量为11000,可以二聚体形式阻遏repA始自P2启动子(位于copB下游)的转录。在稳态条件下,CopB呈饱和浓度,可充分阻遏repA始自P2的转录,使其维持在基线水平。此时,repAmRNA主要以copB-tap-repARNA多顺反子形式合成。但在质粒定居的早期阶段,质粒拷贝数很低,CopB介导的阻遏失效。此时,P2启动子去阻遏,repA转录为tap-repAmRNA,
2.1抑制引物RNA加工
可以质粒ColE1为例来说明。ColE1质粒是大肠杆菌中多拷
贝质粒的代表,其复制起始由一长为550nt的转录物RNAⅡ引发。RNAⅡ由宿主RNA聚合酶合成,经构象变化后,与模板DNA在起点区形成有2个接触区的RNAⅡ-DNA杂交物,RNaseH切割其中的RNA部分,产生游离的3'-OH,再在DNA聚合酶Ⅰ的作用下,从这个游离的3'-OH开始DNA前导链的合成。这一——RNAⅠ3'-OH的生成是复制起始的限速步骤,受反义RNA—
赵月峨等:细菌质粒复制的控制机制
使repA的转录率和质粒的复制频率得以暂时性增加。故在质粒接合转移或拷贝数降至野生型水平以下很低时,P2启动子的去阻遏可发挥重要作用。而在正常的稳态条件下,矫正拷贝数的偏离程度,仅用不稳定的CopARNA即已足够。
499
萄球菌质粒pT181。pT181为滚环复制型质粒,在它的repC
mRNA上有2个串联的起点和一长段5'-非翻译前导区,其拷贝
数控制元件就编码在这个前导区,它有2种反义RNA:RNAⅠ,长约80nt;RNAⅡ,长约150nt,序列与repCmRNA的5'-非翻译区互补。RNAⅡ看来是RNAⅠ的通读产物,它们有相同的序列,在5'端有2个结构相同的茎-环,且两者的配对和抑制速率常数也都相同。反义RNA与repCmRNA的前导区互补配对,形因子的转录终止子,结果使repmRNA转录提前终成不依赖ρ
止。这种被截短的repmRNA不含Rep蛋白翻译的信息,致使
2.3抑制repmRNA翻译
在滚环复制型质粒pMV158家族中,反义RNA可通过它与
复制起始蛋白基因rep的核糖体结合位点(RBS)配对来直接抑制rep的翻译。其中研究得较清楚的是质粒pMV58及其衍生质粒pLS1,它们的反义RNA(RNAⅡ)长约50nt,其序列与cop-
repmRNA中基因copG和repB之间的一个含RBS的区域互
补,cop-repmRNA中的靶区可减至21nt。已证明RNAⅡ是该质粒的主inc决定簇。推定的rep翻译起始信号在repmRNA的预测环上,RNAⅡ可通过阻断核糖体与repmRNA翻译起始序列接近,抑制Rep蛋白合成起始,来直接控制质粒拷贝数。有人认为,RNAⅡ是通过与repBmRNA翻译起始信号区直接相互作用来抑制repB翻译的。在RNAⅡ中,除对应于转录终止子的二当质粒缺失终止子的DNA级结构外,并未发现其他的二级结构。
编码区和cop-repmRNA上的互补序列时,仍对野生型RNAⅡ敏感,提示吻接复合物的形成对RNAⅡ-mRNA杂交物的产生是重要的,但并不是必需的。在质粒R1162中,起始频率由DNA结合蛋白RepC的水平决定,repC的表达在转录水平上由repC操纵子的第1个基因调控,在翻译水平上由与repC翻译起始信号互补的ctRNA调控。至今仍不了解其中哪一步是RepC合成的限速步骤。
Rep的翻译无从进行。这种砖录弱化机制也见于质粒pIP501,且
对其进行了相当深入的研究。
3转录阻遏蛋白和反义RNA共同控制
在R1、pMV158等质粒中存在转录阻遏蛋白和反义RNA共
同控制复制的现象,如前所述,R1的主控制因子是反义RNA
CopA,CopB只起辅助作用,copB的缺失只引起质粒拷贝中等程
度的升高,将copB克隆入相容质粒后并未发生与R1不相容的现象。
但在pMV158家族中,参与质粒复制控制的RNAⅡ和转录阻遏蛋白CopG可能是共同起作用的。CopG能与copG和repB两者的单一启动子结合并阻遏其转录。copG基因的突变或缺失可导致质粒拷贝数的增加。CopG在它自己的转录和翻译信号控制下,对携有克隆入高拷贝数相容载体的pMV158复制子的质粒,只引起微弱的不相容性。在高基因剂量下以反式作用时,
2.4抑制假结形成
这种控制机制见于IncIα和IncB群质粒。以质粒ColIb-P9
RNAⅡ是一个强inc决定簇。能废止ctRNA合成的突变亦可导
致质粒拷贝数的增加,但复制仍受CopG的控制,此时可观察到单个细胞内的质粒拷贝数波动很大。当RNAⅡ单独克隆于低拷贝数载体,未发现它对携有pMV158复制子的质粒有显著的不相容性。调控回路元件copG和(或)RNAⅡ可以生理剂量(即近似于野生型质粒的拷贝数)进行克隆。有实验表明,若整个调控回路(即copG和RNAⅡ)一起克隆,以反式作用,可观察到对
(IncIα)为例,它的自主复制区中含有编码复制起始蛋白RepZ的基因repZ及其翻译控制元件inc和repY,inc为负控制元件,
repY为前导区,是正调控元件。repY与repZ翻译偶联,而repZ
的有效翻译还须有一远程RNA假结形成,这是质粒复制的限速步骤。质粒ColIb-P9(IncIα)的repZmRNA上有3个茎-环结构,其中结构Ⅰ在repY核糖体结合位点的上游,结构Ⅲ在repY基因的中部。恰当地终止repY的翻译可使结构Ⅲ解折叠,在靶环(targetloop)与断茎(disruptedstem)之间形成一个短螺旋,诱导结构Ⅰ环上(327~329位)的5'-rGGCG-3'序列与结构Ⅲ(437~
pMV158的强烈的不相容性,但若copG和RNAⅡ分别克隆,则
前者不显示不相容性,后者只显示微弱的不相容性。由此推断,控制pMV158质粒复制的是整个控制回路而不是其中的一个元件。基于pMV158家族质粒的遗传结构相似性,有人认为类似的调控回路可能也存在于该家族的其它质粒中。
440位)的5'-rCGCC-3'序列配对,形成激活假结(activatorpseu-doknot)。该假结的形成促使核糖体与repZ核糖体结合位点结
合,启动repZ的翻译。
该质粒的复制控制由反义RNA单独实施,不需要转录阻遏蛋白。这个反义RNA长约70nt,有一个含六核苷酸环的大茎-环(51nt)、一个不稳定的上茎(upperstem)和5'尾部,由inc编它有2种功能,一是隔离repY核糖码,称为RNAⅠ或IncRNA。
体结合位点,直接阻断repY转录;二是阻止repZ翻译激活,因为
θ复制型质粒pIP501的复制控制回路似乎兼有R1和
与R1类似,pIP501的CopR蛋白不能调节其自pMV158的特点。
身的合成,但能阻遏从下游repB启动子起始的转录,但与R1不同,这种阻遏是不充分的,这又类似于pMV158。质粒pIP501中的第2个控制元件是反义RNAⅢ,它异常稳定,寿命长达约30
min,这就提出了它如何矫正质粒拷贝数向下波动的问题,因为RNAⅢ的水平不会随质粒拷贝数的减少而快速下降,这可能会
导致质粒的丢失,但在实验中没有观察到这种现象。为解释这一悖论,有人提出了一个与pMV158类似的模型,认为pIP501质粒拷贝数的减少可能会因CopR水平的下降而导致rep启动子的去阻遏。
质粒pUB110的RepU蛋白也能调控其自身的合成,该质粒的复制亦采取双重控制(转录调控和翻译调控)机制,且可能是滚环复制型质粒复制的另一种更具一般性的双重控制机制。
RNAⅠ/repZmRNA相互作用位点含有结构Ⅰ中为形成假结所
需的核苷酸。IncRNA与靶RNA先经环-环接触而发生初始相互作用,然后,IncRNA的5'端与repY核糖体结合位点的一个近侧区碱基配对,前者的环和5'-前导区分别直接抑制对repY和repZ表达至关重要的RNA-RNA相互作用,即抑制激活假结形成,进而抑制RepZ的翻译,实现对质粒复制的控制。
2.5转录弱化
反义RNA介导的转录弱化仅见于革兰阳性菌的质粒,如葡
5004
结语
已对质粒复制的控制机制进行了广泛、深入的研究,取得了质粒DNA的复制是伴随宿主菌的细胞周期,以使菌重要进展[5,6]。
群保持一定浓度质粒的方式进行的,这可通过监测和调节起始频率,使每细胞周期每质粒拷贝平均复制1次的机制来实现。复制控制元件由质粒编码,以剂量依赖方式限制Rep蛋白的水平、前导链引物的获得和活性ori的数量,抑制复制的起始。现在已知的复制控制方式主要有3类:①单一元件控制;②主、辅元件控制;③2种控制元件协同作用。也提出了多个质粒复制控制模型,但多不很完善,尚不能解释全部实验数据,有待进一步深入研究。基于质粒在细菌代谢、抗药性等生理过程及遗传工程等生物技术中的重要性,有关质粒复制及其控制机制的研究仍在继续深入[7-12],许多研究已在相关元件及其相互作用机制的构象、拓扑变化等更深的层次上进行,对这些新进展将另文评述。
[9][8][7][4]
LETTERSINBIOTECHNOLOGYVol.18No.3May,2007
delSolarG,EspinosaM.Plasmidcopynumbercontrol:anever-growingstory[J].MolMicrobiol,2000,37(3):492
[5]KrugerR,RakowskiSA,FilutowiczM.Paticipatingelementsinthe
replicationofIteron-containingplasmids[A].FunnellBE,PhilillipsGJ.PlamidBiology[C].WashingtonDC:ASMPress,2006.25-45[6]BrantlS.PlasmidreplicationcontrolbyantisenseRNAs[A].Funnell
BE,PhilillipsGJ.PlamidBiology[C].WashingtonDC:ASMPress,2006.47-62.
Venkova-CanovaT,P$tekM,Nee veraJ.Controlofrepgeneex-pressioninplasmidpGA1fromCorynebacteriumglutamicum[J].Bacteriol,2003,185(8):2402
AbhyankarMM,ReadyJM,SharmaR,etal.Biochemicalinvesti-gationsofcontrolofreplicationinitiationofplasmidR6K[J].JBiolChem,2004,279(8):6711
BetteridgeT,YangJ,PittardAJ,etal.RoleofRepAandDnaAproteinsintheopeningoftheoriginofDNAreplicationofanIn-cBplasmid[J].JBateriol,2004,186(12):3785
[10]DasN,Valjavec-GratianM,BasuragAN,etal.Multiplehomeo-
staticmechanismsinthecontrolofP1plasmidreplicatiuon[J].ProcNatlAcadSciUSA,2005,102(8):2856
[11]PaussonJ,ChattorajDK.OrigininactvationinbacterialDNArepli-
cationcontrol[J].MolMicrobiol,2006,61(1):9
[12]KwongSM,SkurrayRA,FirthN.Replicationcontrolofstaphylo-
coccalmultiresistanceplasmidpSK41:anantisenseRNAmediateddual-lecelregulationofRepexpression[J].JBateriol,2006,188(12):4402
J
生物技术通讯
参考文献
[1]delSolarG,GiraldoR,Ruiz-EchevarriaMJ,etal.Replicationand
controlofcircularbacterialplasmids[J].1998,63(2):434
[2]KhanSA.Plasmidrolling-circlereplication:recentdevelopments[J].
MolMicrobiol,2000,37(3):477[3]
ChattorajDK.ControlofplasmidDNAreplicationbyiterons:nolongerparadoxical[J].MolMicrobiol,2000,37(3):467
MicrobiolMolBiolRev,
LETTERSINBIOTECHNOLOGYVol.18No.3May,2007
文章编号:1009-0002(2007)03-0497-04
生物技术通讯
497
综述
细菌质粒复制的控制机制
赵月峨,朱舜亚综述;马永平审校
军事医学科学院微生物流行病研究所,病原微生物生物安全国家重点实验室,北京100071[摘要]
通过分析细菌中质粒的存在状态和调控机制的相关研究进展,为研究细菌致病机理、机体免疫防护机制,分析确
定菌株的标识基因和标识分子,以及研究质粒表达调控分子机理提供思路,进而为应用基因工程手段构建筛选新的表达载体、研究新型疫苗候选株提供理论基础。[关键词]
质粒;复制;调控机制
[中图分类号]
Q78[文献标识码]A
ControlMechanismofBacterialPlasmidReplication
ZHAOYue-e,ZHUShun-ya,MAYong-ping
InsititueofMicrobiologyandEpidemiology,StateKeyLaboratoryofPathogenandBiosecurity,AcademyofMilitaryMedicalSciences,Beijing100071,China
[Abstract]
Inthispaper,theauthoranalyzedtheresearchdevelopmentrelatingtotheexistencestateandregulation
andprovidedaviablewaytostudythenosogenesisofbacteria,
Furthermore,
immuneprotective
mechanismofplasimdinbacteria,
mechanismoftheorganism,andtoanalyzethetaggeneandmoleculeofparticularbacteriastrain,understandtheplasimdexpressionregulationmoleculemechanism.
[Keywords]
theoreticalbasiscanbeestablishedforscreeningnewexpression
carrierandfindnewvaccinecandidatestrainbymeansofgeneengineering.
plasmidR replicationR controlmechanism
表达,以评估其胞内浓度的改变会对ori浓度和细胞生理产生何种影响。在许多(但不是全部)情况下,Rep蛋白和重复子一样,对复制具有双向调控作用,且视它们的胞内浓度而定,当胞内浓度低时起复制激活剂作用,胞内浓度高时则起抑制剂作用。
基于上述实验结果,先后提出了2个含重复子质粒的复制控制模型,即滴定模型(titrationmodel)和空间位阻模型(steric
质粒是细菌中能自主复制的染色体外遗传成分。它们能为宿主提供一些额外的功能,如抗药性和毒力等。为与宿主稳定地共存并把代谢负担减至最低,质粒必须控制自身的复制。在一定的生长条件下、在一定的宿主菌中,某一质粒的拷贝数(N)通常是一定的。对质粒是如何控制自身的复制已进行了大量研究[1-4]。
Pritchard等提出的负调控模型认为,一个质粒刚移入新宿主时,
负调节因子的浓度可忽略不计,质粒能在短时间内达到正常拷贝数,然后通过增加或减少每细胞周期每质粒拷贝的复制率来调节细胞中的质粒拷贝数,使该菌群体中各细胞的质粒拷贝数维持在平均值Nav附近的一个很小的波动范围内。进一步的研究表明,上述控制机制是通过质粒自编码的负控制系统调控复制起始而实现的,其负调控作用的控制元件就编码在质粒上。
依所用负控制元件的类型不同,质粒复制的控制系统主要有重复子控制和反义RNA控制2大类,后者又包括反义RNA单独控制和反义RNA与转录阻遏蛋白共同控制2类。我们拟对这3类控制元件及其控制机理做一简要介绍。
hindrancemodel)。滴定模型认为,Rep蛋白是复制起始的限速因
子,重复子能滴定Rep蛋白,从而限制复制起始的频率。后来发现大多数含重复子质粒的Rep蛋白均具有自阻遏作用,且在
R6K和RK2等系统中,胞内Rep蛋白的量大大超过了与重复子
饱和结合的需要。对于这些现象,滴定模型不能给出合理的解释。而空间位阻模型认为,决定质粒复制率的主要因素是重复子的浓度而不是Rep蛋白的表达水平。当质粒拷贝数较低时,Rep蛋白与重复子结合并饱和,促发复制起始;随着质粒拷贝数的增加,结合于某一起点重复子的Rep分子,开始与结合于另一起点重复子的Rep分子相互作用,并通过Rep-Rep相互作用把2个环状质粒分子偶联起来,形成“手铐”状的复合物[此模型亦因此而被称为“手铐”模型(“handcuffing”model)],导致这2个重复子区之间出现空间位阻而阻断复制的起始。在随后的细胞生长期间,这种质粒对也渐次分离,使各质粒分子的复制起始潜力得以恢复。不过,按此模型仍无法解释Rep蛋白的自调控问题。
[收稿日期]2006-10-25
[作者简介]赵月峨(1974-),女,博士研究生,
(E-mail)zhaoyuee@yahoo.com.cn
1重复子控制
在含重复子质粒的复制起点(ori),有一富AT区和多个重复
序列(重复子),质粒编码的复制起始蛋白Rep能以有序的方式与重复子结合,在控制质粒拷贝数方面起重要作用。Rep蛋白能以二体形式结合于操纵子/启动子(Op/Pr)区,反式作用,对其合成进行自我调节;它亦受转录控制,在可调控启动子控制下进行
498
对这个问题的解释看来有一定的难度。有些质粒如RK2,
LETTERSINBIOTECHNOLOGYVol.18No.3May,2007
调控。RNAⅠ长108nt,其序列与RNAⅡ的前108碱基序列完全互补,有3个茎-环和无结构的5'尾部。RNAⅠ与RNAⅡ互补区结合可改变后者的二级结构,使RNAⅡ的3'端不能与模板DNA杂交形成RNAⅡ-DNA杂交物,RNaseH就不能对RNAⅡ进行加工,从而阻断引物的生成,抑制复制的起始。遗传学和生物化学分析表明,RNAⅠ与RNAⅡ互补序列的相互作用最初发生在在从RNAⅠ5'端开这2种折叠分子中呈单链环而暴露的区域。
吻接”复合物(“始的过程中,这一初始接触形成所谓的“kissing”
生物技术通讯
Rep蛋白水平的下降对质粒的复制率没有明显影响;但对另一些
质粒如P1,Rep蛋白水平下降至1/2可使复制停止,增加4倍则可抑制复制。这些现象说明,至少在某些情况下,Rep蛋白的自调控机制对保持合适浓度的起始蛋白来说是重要的。故有人认为,在某些起始蛋白有限的质粒系统中,起始蛋白的滴定和配对是联合起作用的。
含重复子质粒的Rep蛋白在复制控制和自调控中的作用提示,能影响蛋白质-蛋白质或蛋白质-DNA相互作用的rep突变能增加质粒拷贝数。在质粒R6K中,增拷贝突变(copy-upmu-
complex),是该相互作用的限速步骤。RNAⅠ的启动子是组成型
的,故其数量与质粒拷贝数成正比,但不稳定。
在ColE1中还有一个质粒编码的控制元件Rom蛋白(又称
tation)能影响位于LZ模体和推定的π蛋白-DNA结合域之间的
一个32aa区,该区与起始蛋白的高序寡聚化(high-order
Rop蛋白),长63aa。Rom蛋白是RNA结合蛋白,它能增强RNAⅠ与RNAⅡ的相互作用,稳定RNAⅠ-RNAⅡ复合物,因而能加
强对复制的抑制作用,但在上述控制回路中只起辅助作用。
oligomerization)有关。在质粒pSC101和RK2中也观察到了类似
的现象。
除重复子和起始蛋白这2个基本因素外,探讨含重复子质粒的复制控制机制还需要考虑如下一些辅助因素。①有些含重复子的质粒在ori内外都有重复子存在。原则上,这会大大增加
2.2抑制前导肽翻译
这种作用方式的例子是质粒R1,它的基本复制子含有可读
前导肽TAP框copB、tap和repA,分别编码转录阻遏蛋白CopB、和起始必需蛋白RepA。tap和repA是翻译偶联的。RepA是复制的限速因子,以顺式作用,但不能重复使用,其复制控制在转录和转录后2个水平上进行。主控制元件是反义RNA,名为CopA,从repAmRNA前导区的一段互补链转录而来,长约90nt,有2个茎-环(一大一小),不稳定(半衰期为1~2min)。repAmRNA前导区中与之互补的这一段序列称为CopT。CopA也可通过吻接形式与CopT形成复合物。因repA的翻译需要tap的翻译(翻译偶联),故当CopA与CopT结合后,由于位阻效应阻碍了前导肽基因(tap)的翻译,进而抑制了RepA的合成,其抑制效率取决于吻接复合物形成的亲和力。能降低吻接复合物形成效率的copA突变可增加质粒的拷贝数,此时复制仍是可控的,但CopA完全失活则会使复制不可控。RNaseⅢ可特异地切割CopA-CopT复合物,这种切割对RepA的合成也有控制作用。有实验显示,
Rep介导的重复子配对的概率而降低复制率,且还会产生质粒分
子内的、与拷贝数无关的配对,故这种配对并不能矫正拷贝数对平均拷贝数的偏离。再则,ori内外重复子的作用也不尽相同。
RK2和P1的数据显示,作为负调控子,ori外的重复子要比ori
内的更有效,这可能与它们在数量和结构上的差异有关:在RK2中,辅助重复子能刺激复制起点间的初次配对;在P1中,复制调控的决定因素是辅助重复子的浓度而不是它们的相对排列。②
Rep蛋白不只能与重复子(DnaA盒)结合,它还有一些非重复子
的结合位点,如在RepIB/R1162(RSF1010)系统的富AT区内就有这样一个结合位点,Rep蛋白与之结合后,可通过直接抑制引物合成而对引发作用进行负调控。③一些宿主蛋白也会参与含重复子质粒的复制,它们或能直接与复制起点结合,或通过蛋白质-蛋白质相互作用进行补充。这不仅是因为复制机器(repli-
cationmachinery)是由细胞提供的,而且还因为有些宿主蛋白能
通过辅助Rep/重复子的装配来间接地调控质粒拷贝数。
CopA的大茎-环L1的结构对R1的复制控制有重要作用,对
而且,CopACopA和CopT的相互作用来说其最适大小为5~7nt。茎区凸起(bulge)的存在也是CopA在体外迅速与CopT形成复合物和在体内有效地起抑制作用所需要的。此外,这还能导致结构不稳定。CopA的结构-功能研究表明,质粒拷贝数(基因剂量)与CopA水平呈正相关,其复制率不依赖于质粒的拷贝数和宿主细胞的生长速率。由此可得:①当每个细胞的质粒拷贝数低于平均值时,每拷贝质粒的复制频率大于1;当细胞中质粒拷贝高于平均值时,则每拷贝质粒的复制频率小于1。②R1质粒拷贝数随宿主细胞生长速率的下降而增加。每个细胞的复制率不随质粒拷贝数而变,这将会缓慢地矫正其与平均质粒复制频率的偏离程度,因而能保持每个细胞的平均质粒拷贝数不变。
2反义RNA控制
原核的反义RNA是些小RNA分子,长35~150nt,有1~4
个茎-环(stem-loop),其序列与靶RNA(正义RNA)互补,以顺式或反式起作用,寿命较短。控制质粒拷贝数的反义RNA与靶转录物(targettranscript)即repmRNA5'端的一个区域互补,又称反转录RNA(countertranscribedRNA,ctRNA)。在一些质粒中,
ctRNA的抑制作用是在与靶RNA的配对区完成的;在另一些质
粒中,ctRNA-靶RNA双链体的形成导致靶转录物的构象发生改变并失活。ctRNA的作用方式有以下几种。
R1的第2个控制元件是CopB蛋白,缺失copB基因可使拷
贝数增加8倍,但克隆copB基因并不能对野生型R1质粒施与不相容性,表明它在正常情况下只起辅助作用。CopB为碱性蛋白,相对分子质量为11000,可以二聚体形式阻遏repA始自P2启动子(位于copB下游)的转录。在稳态条件下,CopB呈饱和浓度,可充分阻遏repA始自P2的转录,使其维持在基线水平。此时,repAmRNA主要以copB-tap-repARNA多顺反子形式合成。但在质粒定居的早期阶段,质粒拷贝数很低,CopB介导的阻遏失效。此时,P2启动子去阻遏,repA转录为tap-repAmRNA,
2.1抑制引物RNA加工
可以质粒ColE1为例来说明。ColE1质粒是大肠杆菌中多拷
贝质粒的代表,其复制起始由一长为550nt的转录物RNAⅡ引发。RNAⅡ由宿主RNA聚合酶合成,经构象变化后,与模板DNA在起点区形成有2个接触区的RNAⅡ-DNA杂交物,RNaseH切割其中的RNA部分,产生游离的3'-OH,再在DNA聚合酶Ⅰ的作用下,从这个游离的3'-OH开始DNA前导链的合成。这一——RNAⅠ3'-OH的生成是复制起始的限速步骤,受反义RNA—
赵月峨等:细菌质粒复制的控制机制
使repA的转录率和质粒的复制频率得以暂时性增加。故在质粒接合转移或拷贝数降至野生型水平以下很低时,P2启动子的去阻遏可发挥重要作用。而在正常的稳态条件下,矫正拷贝数的偏离程度,仅用不稳定的CopARNA即已足够。
499
萄球菌质粒pT181。pT181为滚环复制型质粒,在它的repC
mRNA上有2个串联的起点和一长段5'-非翻译前导区,其拷贝
数控制元件就编码在这个前导区,它有2种反义RNA:RNAⅠ,长约80nt;RNAⅡ,长约150nt,序列与repCmRNA的5'-非翻译区互补。RNAⅡ看来是RNAⅠ的通读产物,它们有相同的序列,在5'端有2个结构相同的茎-环,且两者的配对和抑制速率常数也都相同。反义RNA与repCmRNA的前导区互补配对,形因子的转录终止子,结果使repmRNA转录提前终成不依赖ρ
止。这种被截短的repmRNA不含Rep蛋白翻译的信息,致使
2.3抑制repmRNA翻译
在滚环复制型质粒pMV158家族中,反义RNA可通过它与
复制起始蛋白基因rep的核糖体结合位点(RBS)配对来直接抑制rep的翻译。其中研究得较清楚的是质粒pMV58及其衍生质粒pLS1,它们的反义RNA(RNAⅡ)长约50nt,其序列与cop-
repmRNA中基因copG和repB之间的一个含RBS的区域互
补,cop-repmRNA中的靶区可减至21nt。已证明RNAⅡ是该质粒的主inc决定簇。推定的rep翻译起始信号在repmRNA的预测环上,RNAⅡ可通过阻断核糖体与repmRNA翻译起始序列接近,抑制Rep蛋白合成起始,来直接控制质粒拷贝数。有人认为,RNAⅡ是通过与repBmRNA翻译起始信号区直接相互作用来抑制repB翻译的。在RNAⅡ中,除对应于转录终止子的二当质粒缺失终止子的DNA级结构外,并未发现其他的二级结构。
编码区和cop-repmRNA上的互补序列时,仍对野生型RNAⅡ敏感,提示吻接复合物的形成对RNAⅡ-mRNA杂交物的产生是重要的,但并不是必需的。在质粒R1162中,起始频率由DNA结合蛋白RepC的水平决定,repC的表达在转录水平上由repC操纵子的第1个基因调控,在翻译水平上由与repC翻译起始信号互补的ctRNA调控。至今仍不了解其中哪一步是RepC合成的限速步骤。
Rep的翻译无从进行。这种砖录弱化机制也见于质粒pIP501,且
对其进行了相当深入的研究。
3转录阻遏蛋白和反义RNA共同控制
在R1、pMV158等质粒中存在转录阻遏蛋白和反义RNA共
同控制复制的现象,如前所述,R1的主控制因子是反义RNA
CopA,CopB只起辅助作用,copB的缺失只引起质粒拷贝中等程
度的升高,将copB克隆入相容质粒后并未发生与R1不相容的现象。
但在pMV158家族中,参与质粒复制控制的RNAⅡ和转录阻遏蛋白CopG可能是共同起作用的。CopG能与copG和repB两者的单一启动子结合并阻遏其转录。copG基因的突变或缺失可导致质粒拷贝数的增加。CopG在它自己的转录和翻译信号控制下,对携有克隆入高拷贝数相容载体的pMV158复制子的质粒,只引起微弱的不相容性。在高基因剂量下以反式作用时,
2.4抑制假结形成
这种控制机制见于IncIα和IncB群质粒。以质粒ColIb-P9
RNAⅡ是一个强inc决定簇。能废止ctRNA合成的突变亦可导
致质粒拷贝数的增加,但复制仍受CopG的控制,此时可观察到单个细胞内的质粒拷贝数波动很大。当RNAⅡ单独克隆于低拷贝数载体,未发现它对携有pMV158复制子的质粒有显著的不相容性。调控回路元件copG和(或)RNAⅡ可以生理剂量(即近似于野生型质粒的拷贝数)进行克隆。有实验表明,若整个调控回路(即copG和RNAⅡ)一起克隆,以反式作用,可观察到对
(IncIα)为例,它的自主复制区中含有编码复制起始蛋白RepZ的基因repZ及其翻译控制元件inc和repY,inc为负控制元件,
repY为前导区,是正调控元件。repY与repZ翻译偶联,而repZ
的有效翻译还须有一远程RNA假结形成,这是质粒复制的限速步骤。质粒ColIb-P9(IncIα)的repZmRNA上有3个茎-环结构,其中结构Ⅰ在repY核糖体结合位点的上游,结构Ⅲ在repY基因的中部。恰当地终止repY的翻译可使结构Ⅲ解折叠,在靶环(targetloop)与断茎(disruptedstem)之间形成一个短螺旋,诱导结构Ⅰ环上(327~329位)的5'-rGGCG-3'序列与结构Ⅲ(437~
pMV158的强烈的不相容性,但若copG和RNAⅡ分别克隆,则
前者不显示不相容性,后者只显示微弱的不相容性。由此推断,控制pMV158质粒复制的是整个控制回路而不是其中的一个元件。基于pMV158家族质粒的遗传结构相似性,有人认为类似的调控回路可能也存在于该家族的其它质粒中。
440位)的5'-rCGCC-3'序列配对,形成激活假结(activatorpseu-doknot)。该假结的形成促使核糖体与repZ核糖体结合位点结
合,启动repZ的翻译。
该质粒的复制控制由反义RNA单独实施,不需要转录阻遏蛋白。这个反义RNA长约70nt,有一个含六核苷酸环的大茎-环(51nt)、一个不稳定的上茎(upperstem)和5'尾部,由inc编它有2种功能,一是隔离repY核糖码,称为RNAⅠ或IncRNA。
体结合位点,直接阻断repY转录;二是阻止repZ翻译激活,因为
θ复制型质粒pIP501的复制控制回路似乎兼有R1和
与R1类似,pIP501的CopR蛋白不能调节其自pMV158的特点。
身的合成,但能阻遏从下游repB启动子起始的转录,但与R1不同,这种阻遏是不充分的,这又类似于pMV158。质粒pIP501中的第2个控制元件是反义RNAⅢ,它异常稳定,寿命长达约30
min,这就提出了它如何矫正质粒拷贝数向下波动的问题,因为RNAⅢ的水平不会随质粒拷贝数的减少而快速下降,这可能会
导致质粒的丢失,但在实验中没有观察到这种现象。为解释这一悖论,有人提出了一个与pMV158类似的模型,认为pIP501质粒拷贝数的减少可能会因CopR水平的下降而导致rep启动子的去阻遏。
质粒pUB110的RepU蛋白也能调控其自身的合成,该质粒的复制亦采取双重控制(转录调控和翻译调控)机制,且可能是滚环复制型质粒复制的另一种更具一般性的双重控制机制。
RNAⅠ/repZmRNA相互作用位点含有结构Ⅰ中为形成假结所
需的核苷酸。IncRNA与靶RNA先经环-环接触而发生初始相互作用,然后,IncRNA的5'端与repY核糖体结合位点的一个近侧区碱基配对,前者的环和5'-前导区分别直接抑制对repY和repZ表达至关重要的RNA-RNA相互作用,即抑制激活假结形成,进而抑制RepZ的翻译,实现对质粒复制的控制。
2.5转录弱化
反义RNA介导的转录弱化仅见于革兰阳性菌的质粒,如葡
5004
结语
已对质粒复制的控制机制进行了广泛、深入的研究,取得了质粒DNA的复制是伴随宿主菌的细胞周期,以使菌重要进展[5,6]。
群保持一定浓度质粒的方式进行的,这可通过监测和调节起始频率,使每细胞周期每质粒拷贝平均复制1次的机制来实现。复制控制元件由质粒编码,以剂量依赖方式限制Rep蛋白的水平、前导链引物的获得和活性ori的数量,抑制复制的起始。现在已知的复制控制方式主要有3类:①单一元件控制;②主、辅元件控制;③2种控制元件协同作用。也提出了多个质粒复制控制模型,但多不很完善,尚不能解释全部实验数据,有待进一步深入研究。基于质粒在细菌代谢、抗药性等生理过程及遗传工程等生物技术中的重要性,有关质粒复制及其控制机制的研究仍在继续深入[7-12],许多研究已在相关元件及其相互作用机制的构象、拓扑变化等更深的层次上进行,对这些新进展将另文评述。
[9][8][7][4]
LETTERSINBIOTECHNOLOGYVol.18No.3May,2007
delSolarG,EspinosaM.Plasmidcopynumbercontrol:anever-growingstory[J].MolMicrobiol,2000,37(3):492
[5]KrugerR,RakowskiSA,FilutowiczM.Paticipatingelementsinthe
replicationofIteron-containingplasmids[A].FunnellBE,PhilillipsGJ.PlamidBiology[C].WashingtonDC:ASMPress,2006.25-45[6]BrantlS.PlasmidreplicationcontrolbyantisenseRNAs[A].Funnell
BE,PhilillipsGJ.PlamidBiology[C].WashingtonDC:ASMPress,2006.47-62.
Venkova-CanovaT,P$tekM,Nee veraJ.Controlofrepgeneex-pressioninplasmidpGA1fromCorynebacteriumglutamicum[J].Bacteriol,2003,185(8):2402
AbhyankarMM,ReadyJM,SharmaR,etal.Biochemicalinvesti-gationsofcontrolofreplicationinitiationofplasmidR6K[J].JBiolChem,2004,279(8):6711
BetteridgeT,YangJ,PittardAJ,etal.RoleofRepAandDnaAproteinsintheopeningoftheoriginofDNAreplicationofanIn-cBplasmid[J].JBateriol,2004,186(12):3785
[10]DasN,Valjavec-GratianM,BasuragAN,etal.Multiplehomeo-
staticmechanismsinthecontrolofP1plasmidreplicatiuon[J].ProcNatlAcadSciUSA,2005,102(8):2856
[11]PaussonJ,ChattorajDK.OrigininactvationinbacterialDNArepli-
cationcontrol[J].MolMicrobiol,2006,61(1):9
[12]KwongSM,SkurrayRA,FirthN.Replicationcontrolofstaphylo-
coccalmultiresistanceplasmidpSK41:anantisenseRNAmediateddual-lecelregulationofRepexpression[J].JBateriol,2006,188(12):4402
J
生物技术通讯
参考文献
[1]delSolarG,GiraldoR,Ruiz-EchevarriaMJ,etal.Replicationand
controlofcircularbacterialplasmids[J].1998,63(2):434
[2]KhanSA.Plasmidrolling-circlereplication:recentdevelopments[J].
MolMicrobiol,2000,37(3):477[3]
ChattorajDK.ControlofplasmidDNAreplicationbyiterons:nolongerparadoxical[J].MolMicrobiol,2000,37(3):467
MicrobiolMolBiolRev,