第17卷 第2期
2007年4月长 春 大 学 学 报JOURNALOFCHANGCHUNUNIVERSITYVol.17 No.2Apr.2007 文章编号:1009-3907(2007)02-0074-04
蛋白质相互作用的研究方法及进展
李妍1,2,张霞2
(1.德州学院 生物系,山东 德州 253023;2.山东师范大学 生命科学学院,山东 济南 250014)
摘 要:介绍了蛋白质与蛋白质相互作用的研究方法及进展,包括已经应用的标准技术、物理学方法、最新进展及其他方法。利用蛋白质间相互作用为工具,通过合成可调控转录系统来调整生物系统,可实现对基因功能的微调。
关键词:蛋白质;相互作用;研究方法
中图分类号:Q7 文献标识码:A
蛋白质控制和调节细胞中诸多的生命活动,尽管有一些蛋白质主要以单体的形式发挥作用,但有很大一部分蛋白质,动。因此,认识蛋白质的功能。[1]
1 1.1 用GST以GST,能用新蛋白大规模筛选文库以鉴定新的相互作用,以及确定某些相互作用的蛋白质上的特定区域,虽然这种方法产生的结果是定性的,但是,GST融合蛋白可用于高度定量及复杂的分析中。
1.2 通过免疫共沉淀鉴定相互作用蛋白质
当细胞在非变性条件下裂解时,完整细胞内许多蛋白质之间的结合保持下来,这一事实可用于检测和确定生理条件下相关的蛋白质之间的相互作用。利用该方法检测蛋白质之间的相互作用要求在一系列的清洗过程中保持复合体不变,因而该方法可能检测不到细胞中处于动态平衡中的低亲和与瞬间的相互作用,而且该方法仅应用于从细胞中溶解出来后仍存在于生理复合体中的蛋白质。
1.3 化学交联技术在研究蛋白质相互作用中的应用
交联技术可用于研究稳定复合体内的蛋白质相互作用,或用于研究可逆相互作用蛋白质间的作用,在异源寡聚复合体中,交联技术可依确定蛋白质的相邻亚基及相互作用蛋白质间最大间距,甚至可以确定相互作用蛋白质间特异的相邻残基[2]。交联技术还可以应用于确定复合物中的最小亚基数量,还可以使寡聚体锁定在某一特定构象状态,至于可逆相互作用蛋白,交联技术可以确定配体分子,因此,交联技术的应用非常广泛。
1.4 蛋白质相互作用的酵母和细菌双杂交筛选系统
酵母双杂交技术在酵母中重新构建一种有功能的转录激活子,现在已被广泛用于鉴定新的蛋白质相互作用和分析已知的相互作用,由于它对新的相互作用蛋白的分离相对简单和快速,从而得到了广泛的普及。与酵母双杂相比,以细菌为基础的系统可以分析很大的文库,为不适合以酵母系统为基础的非核蛋白的分析提供了可替代的方法
。
收稿日期:2006212212
作者简介:李妍(19752),女,山东省陵县人,德州学院生物系讲师,硕士,主要从事植物生理与分子生物学研究。
第2期 李研,等:
蛋白质相互作用的研究方法及进展75
1.5 噬菌体展示技术研究蛋白质—蛋白质相互作用噬菌体展示技术的主要优势在于它将蛋白质与其遗传物质整合到单个噬菌体颗粒中,由于在表达的蛋白质与为其编码的遗传信息之间提供了直接的物理联系。人们可以有效地对所需功能的克隆进行反复筛选,并随之进行扩增,在文库筛选的过程中,特定的噬菌体克隆由于对其配体的特异亲和性而不断得到富集,从而使相对稀少的可以结合配体的克隆能够快速、有效地从一个大文库中被筛选出来。
1.6 利用遗传学方法来鉴定蛋白质间相互作用
抑制基因分析是用来确定潜在的蛋白质-蛋白质作用的最常见的遗传分析策略,抑制基因分析的优点是整个过程是内在的、固有的生理学特性,不存在像酵母双杂交中那样的人为的基因融合或蛋白质被迫在细胞特定部位的聚集,而且由于所有的反应都发生在细胞内,不存在由于提取制备或体外结合实验所导致的假象。但如果目的是得到某一特定靶标直接作用的蛋白质,选择遗传途径就可能存在一些问题。
2 鉴定和表征蛋白质间相互作用的生物物理学方法
标准技术中,有一些需要使用化学交联剂,而有些方法存在很大的难题就是无法保留蛋白质在完整细胞中所具有的正常生理条件,也无法提供相互作用蛋白质空间分布的信息,生物物理学的方法可以弥补标准技术的这些不足。
2.1 研究蛋白质相互作用的FRET显微成像技术
FRET是一个非辐射的,偶极—偶极耦合的过程,的受体分子转移,这样,GFP突变体融合,也可用合成的荧光分子共价结合进行化学修饰,[3]的FRET现象进行推断。
2.2 IM)(),在37℃可促进蛋白质的有效折叠和突变,有可能减少wtGFP在395nm和475nm处各有一个极大的激发峰,用这两个峰值波长的光照射蛋白质均可产生GFP的特征绿色发射光。FRIM技术能对在固定细胞中的或存在于活细胞内蛋白质件实时相互作用,进行原位分析,能用于检测生物由于刺激而引起的蛋白质相互作用变化。
2.3 质谱表征多元蛋白质复合物
有大量实例证明,从简单的二聚体到大分子复合物,其蛋白质相互作用保持于质谱分析过程中。质谱分析可以获得质量数不同的蛋白质复合物的质谱图,而且可以测量核糖体这样的杂合型蛋白质动态颗粒,所以不需要纯蛋白质,而且所需要的样品量非常少,一般为微升级的微摩尔浓度样品溶液,收集质谱图仅几秒钟。
[4]但该法中蛋白无机盐耐受力不高,难获得某些蛋白质溶液的稳定电喷雾。
2.4 用原子显微技术检测配体-受体间相互作用
AFM从扫描隧道显微镜演变而来,它在对样品进行扫描过程中,弹性悬臂随样品的表面形貌而偏折,通过将悬臂偏折转化为表面高度起伏,从而获得原子级分辨率的表面形貌图像,可在接近生理条件下对生物分子进行成像研究,它能以单体分子水平的高分辨率测量两相对表面之间的作用力。
3 最新进展
最近发展起来的新技术,它们或是前面描述的一些核心技术的创造性地延伸,或是些只能用于分析蛋白质间相互作用的方法。
3.1 蛋白酶足迹法
与通常所用的DNaseⅠ足迹法技术相似,但蛋白酶足迹法是通过一种末端标记蛋白于复合体的形式来鉴定这些封闭的或可诱导形成构象变化的位点,是通过对蛋白激酶A的识别位点或者在目的蛋白的氨基端或羧基端加以设计,使其容易产生末端标记,形成一组消化产物。
3.2 串联亲和纯化提高相互作用蛋白质的识别
该方法将靶蛋白与一个蛋白质标签融合并在一个天然宿主细胞或生物体中进行表达,从这些宿主细胞
76长 春 大 学 学 报 第17
卷或生物体中制备提取物,然后采用标准的两步法重获靶蛋白和相关的相互作用组分。纯化后的物质可经凝胶分离,共纯化的蛋白质可经质谱进行鉴定。该方法降低了细胞高丰度蛋白质或从亲和柱渗漏出物所造成的背景污染,可以使极低丰度蛋白质复合物得到高度纯化。
3.3 利用体外表达克隆鉴定相互作用蛋白质
该法可以按照每个基因编码的蛋白质功能快速系统的筛选cDNA文库。含有文库质粒的细菌按照30～100个克隆/板的密度铺板,从每个板上刮下克隆,小规模质粒提取,构建质粒DNA池,然后每个含有30～100种不同cDNA的质粒池在S标记的甲硫氨酸存在的条件下体外转录翻译,检测产生的标记蛋白池的特35
异活性。
3.4 采用入阻遏物融合技术分离和鉴定自组装结构域
是基于融合到噬菌体入阻遏物氨基端DNA结合域的系统,已用于检测更为专一的蛋白质相互作用:自组装到同型寡聚体里。许多蛋白质自组装形成寡聚体,在研究单基因产物时,对寡聚化结构域进行检测和描绘已成为结构和功能分析的标准组成部分。入阻遏物的活性同时依赖于氨基端的DNA结合域和羧基端的寡聚化结构域,去掉羧基端的结构域会减弱DNA结合域的活性并使阻遏物失活,当异源寡聚化结构域被融合到氨基端结构域时,阻遏物可重新具有活性。阻遏物融合技术是对双杂交筛选方法和其他生化及遗传方法的一种补充。
3.5 基于膜的酵母双杂交体系
该法是用来检测和研究膜-蛋白质相互作用的。该策略是将感兴趣的膜诱饵蛋白(Y)与Cub融合,在其后连上人工转录因子PLV,将可能的相互作用蛋白(X)与,蛋白疫球蛋白(IgG)抗体对融合蛋白的免疫生物学检测,就重构了有功能的裂解泛素分子,PLA。
β23.6 半β2半,将两个待测的可能相互作用的蛋白质2gal的失突变体形成融合蛋白,并在细胞中表达。当待测蛋白相互作用时,两个β2gal的突变体相互补充重新获β2gal的酶活性,β2gal互补法有四种优点:直接、实验敏感性高、不需过表达相关蛋白、可以运用多种底物检测β2gal的活性。
3.7 利用蛋白质片段互补策略研究蛋白质相互作用(PCA)
在PCA技术中,一个酶的基因被合理地分为两个部分,融合蛋白是用两个可以互相结合的蛋白质构建的,每个蛋白质分别连接在两个不同的酶片段上,两个互相结合的蛋白质的融合催化了酶片段的结合,同时可检测重建酶的活性。PCA具有其独特的优点:可以根据所选择的细胞类型决定分析步骤;不需要专用试剂;可以进行自动化分析;在设计探针片段上有很大的灵活性;可以根据用于检测蛋白质相互作用的不同的酶采用不同的手段进行检测。
3.8 用膜上肽合成的方法分析蛋白质相互作用[][5]
此法是用免疫杂交形式检测结合到单个点上的蛋白质,适用于鉴定短的线性相互结构域,对一个相互作用结构域或整个蛋白质分析至少包括两步。首先,合成15个氨基酸的肽,用3～4个氨基酸移位覆盖整个序列。第二是分析中心结合结构域以及单个氨基酸的贡献。
3.9 蛋白成束增强蛋白质相互作用检测
双杂交实验中的阳性信号需要转录因子复合体两部分的装配,在考虑到彼此亲和力前提下,融合蛋白的
[7]表达量要保证复合体的形成。在许多情况下,融合蛋白表达量很低或其亲和力低于检测分析的阈值,将
一个来源于细菌的四聚体蛋白作为激活结构域和靶蛋白连接,融合蛋白的四聚体结构域的存在可以允许体内四个激活结构域同四个结合结构域形成“成束蛋白”,从而大大增强其表达,提高蛋白质-蛋白质相互作用的检测。
3.10 其他方法
除以上介绍的方法外,用计算方法分析全基因组蛋白相互作用,蛋白质相互作用的可视化和整合,通过
[8]调节蛋白质之间相互作用发展新的治疗方法也已得到了应用。
第2期 李研,等:
蛋白质相互作用的研究方法及进展77
细胞处于不断的变化过程中,因而使得细胞功能研究更加复杂,内源性和外源性的信号都能诱使细胞的形状、分裂状态、生活能力、代谢和别的一些内在特性发生变化,对这些信号解释和应答要求细胞中蛋白质组成和细胞内蛋白质间相互作用方式发生变化,对一个蛋白质相互作用谱的认识是最终了解细胞中该蛋白质的功能最重要的一步。
参考文献:
[1] DrewesG,BouwmeesterT.Globalapproachestoprotein-proteininteractions[J].CurrOpinCellBiol,2003,15(2):199.
[2] WalboutAJ,SordellaR,LuX,etal.ProteininteractionmappinginC.elegansusingproteinsinvolvedinvulvaldevelopment
[J].Science,2000,287(5450):116.
[3] FlajoletM.RotondoG,DavietL,etal.AgenomicapproachofthehepatitisCvirusgeneratesaproteininteractionmap[J].Gene,
2000,242(1-2):369.
[4] DoveSL,HochschildA.ConversionofomegasubunitofEscherichiacoliRNApolymeraseintoatranscriptionalactivatororan
activationtarget[J].GenesDev,1998,12(5):745.
[5] GavinAC,BoscheM,KrauseR,etal.Functionalorganizationoftheyeastproteomebysystematicanalysisofproteincomplexes
[J].Nature,2002,415(6868):141.
[6] HoY,GruhlerA,HeilbutA,etal.SystematicidentificationofproteincomplexesinSaccharomycescerevisiaebymassspectrome2
try[J].Nature,2002,415(6868):180.
[7] vonMeringC,KrauseR,SnelB,etal.Comparativeassessmentoflargescaledatasetsofprotein-printeractions[J].Na2
ture,2002,417(6887):399.
[8] ButlandG,Peregrin-AlvarezJM,LiJ,etal.InteractionnetworkrcomplexesinEsche2
richiacoli[J].Nature,2005,433(7025):531.
[9] SambrookandRussel.:,.
[10] Erica:,2003.
[11] Erica.[M].北京:中国农业出版社,2004.
[12] S.R.onJDunn.蛋白质组学:序列到功能[M].北京:科学出版社,2002.
[13] 钱小红,贺福初.蛋白质组学:理论与方法[M].北京:科学出版社,2003.
责任编辑:姜丽杰
Researchtechnologiesandimprovementofprotein2proteininteraction
LI2Yan1,2,ZHANG2Xia2
(1.DepartmentofBiology,DezhouUniversity,Dezhou253023,China;
2.DepartmentofBiology,ShandongNormalUniversity,Jinan250014,China)
Abstract:Thisarticleintroducesthemethodsandheadwaysinprotein2proteininteractions,includingstandardtechnologies,biophysicalapproaches,recentdevelopmentandothertools.Thearticledescribestheseexperimentaleffortstoapplyprotein2proteininteractions,suchapproachesallowelegantcontrolofgenefunction.
Keywords:protein;interaction;studymethods
第17卷 第2期
2007年4月长 春 大 学 学 报JOURNALOFCHANGCHUNUNIVERSITYVol.17 No.2Apr.2007 文章编号:1009-3907(2007)02-0074-04
蛋白质相互作用的研究方法及进展
李妍1,2,张霞2
(1.德州学院 生物系,山东 德州 253023;2.山东师范大学 生命科学学院,山东 济南 250014)
摘 要:介绍了蛋白质与蛋白质相互作用的研究方法及进展,包括已经应用的标准技术、物理学方法、最新进展及其他方法。利用蛋白质间相互作用为工具,通过合成可调控转录系统来调整生物系统,可实现对基因功能的微调。
关键词:蛋白质;相互作用;研究方法
中图分类号:Q7 文献标识码:A
蛋白质控制和调节细胞中诸多的生命活动,尽管有一些蛋白质主要以单体的形式发挥作用,但有很大一部分蛋白质,动。因此,认识蛋白质的功能。[1]
1 1.1 用GST以GST,能用新蛋白大规模筛选文库以鉴定新的相互作用,以及确定某些相互作用的蛋白质上的特定区域,虽然这种方法产生的结果是定性的,但是,GST融合蛋白可用于高度定量及复杂的分析中。
1.2 通过免疫共沉淀鉴定相互作用蛋白质
当细胞在非变性条件下裂解时,完整细胞内许多蛋白质之间的结合保持下来,这一事实可用于检测和确定生理条件下相关的蛋白质之间的相互作用。利用该方法检测蛋白质之间的相互作用要求在一系列的清洗过程中保持复合体不变,因而该方法可能检测不到细胞中处于动态平衡中的低亲和与瞬间的相互作用,而且该方法仅应用于从细胞中溶解出来后仍存在于生理复合体中的蛋白质。
1.3 化学交联技术在研究蛋白质相互作用中的应用
交联技术可用于研究稳定复合体内的蛋白质相互作用,或用于研究可逆相互作用蛋白质间的作用,在异源寡聚复合体中,交联技术可依确定蛋白质的相邻亚基及相互作用蛋白质间最大间距,甚至可以确定相互作用蛋白质间特异的相邻残基[2]。交联技术还可以应用于确定复合物中的最小亚基数量,还可以使寡聚体锁定在某一特定构象状态,至于可逆相互作用蛋白,交联技术可以确定配体分子,因此,交联技术的应用非常广泛。
1.4 蛋白质相互作用的酵母和细菌双杂交筛选系统
酵母双杂交技术在酵母中重新构建一种有功能的转录激活子,现在已被广泛用于鉴定新的蛋白质相互作用和分析已知的相互作用,由于它对新的相互作用蛋白的分离相对简单和快速,从而得到了广泛的普及。与酵母双杂相比,以细菌为基础的系统可以分析很大的文库,为不适合以酵母系统为基础的非核蛋白的分析提供了可替代的方法
。
收稿日期:2006212212
作者简介:李妍(19752),女,山东省陵县人,德州学院生物系讲师,硕士,主要从事植物生理与分子生物学研究。
第2期 李研,等:
蛋白质相互作用的研究方法及进展75
1.5 噬菌体展示技术研究蛋白质—蛋白质相互作用噬菌体展示技术的主要优势在于它将蛋白质与其遗传物质整合到单个噬菌体颗粒中,由于在表达的蛋白质与为其编码的遗传信息之间提供了直接的物理联系。人们可以有效地对所需功能的克隆进行反复筛选,并随之进行扩增,在文库筛选的过程中,特定的噬菌体克隆由于对其配体的特异亲和性而不断得到富集,从而使相对稀少的可以结合配体的克隆能够快速、有效地从一个大文库中被筛选出来。
1.6 利用遗传学方法来鉴定蛋白质间相互作用
抑制基因分析是用来确定潜在的蛋白质-蛋白质作用的最常见的遗传分析策略,抑制基因分析的优点是整个过程是内在的、固有的生理学特性,不存在像酵母双杂交中那样的人为的基因融合或蛋白质被迫在细胞特定部位的聚集,而且由于所有的反应都发生在细胞内,不存在由于提取制备或体外结合实验所导致的假象。但如果目的是得到某一特定靶标直接作用的蛋白质,选择遗传途径就可能存在一些问题。
2 鉴定和表征蛋白质间相互作用的生物物理学方法
标准技术中,有一些需要使用化学交联剂,而有些方法存在很大的难题就是无法保留蛋白质在完整细胞中所具有的正常生理条件,也无法提供相互作用蛋白质空间分布的信息,生物物理学的方法可以弥补标准技术的这些不足。
2.1 研究蛋白质相互作用的FRET显微成像技术
FRET是一个非辐射的,偶极—偶极耦合的过程,的受体分子转移,这样,GFP突变体融合,也可用合成的荧光分子共价结合进行化学修饰,[3]的FRET现象进行推断。
2.2 IM)(),在37℃可促进蛋白质的有效折叠和突变,有可能减少wtGFP在395nm和475nm处各有一个极大的激发峰,用这两个峰值波长的光照射蛋白质均可产生GFP的特征绿色发射光。FRIM技术能对在固定细胞中的或存在于活细胞内蛋白质件实时相互作用,进行原位分析,能用于检测生物由于刺激而引起的蛋白质相互作用变化。
2.3 质谱表征多元蛋白质复合物
有大量实例证明,从简单的二聚体到大分子复合物,其蛋白质相互作用保持于质谱分析过程中。质谱分析可以获得质量数不同的蛋白质复合物的质谱图,而且可以测量核糖体这样的杂合型蛋白质动态颗粒,所以不需要纯蛋白质,而且所需要的样品量非常少,一般为微升级的微摩尔浓度样品溶液,收集质谱图仅几秒钟。
[4]但该法中蛋白无机盐耐受力不高,难获得某些蛋白质溶液的稳定电喷雾。
2.4 用原子显微技术检测配体-受体间相互作用
AFM从扫描隧道显微镜演变而来,它在对样品进行扫描过程中,弹性悬臂随样品的表面形貌而偏折,通过将悬臂偏折转化为表面高度起伏,从而获得原子级分辨率的表面形貌图像,可在接近生理条件下对生物分子进行成像研究,它能以单体分子水平的高分辨率测量两相对表面之间的作用力。
3 最新进展
最近发展起来的新技术,它们或是前面描述的一些核心技术的创造性地延伸,或是些只能用于分析蛋白质间相互作用的方法。
3.1 蛋白酶足迹法
与通常所用的DNaseⅠ足迹法技术相似,但蛋白酶足迹法是通过一种末端标记蛋白于复合体的形式来鉴定这些封闭的或可诱导形成构象变化的位点,是通过对蛋白激酶A的识别位点或者在目的蛋白的氨基端或羧基端加以设计,使其容易产生末端标记,形成一组消化产物。
3.2 串联亲和纯化提高相互作用蛋白质的识别
该方法将靶蛋白与一个蛋白质标签融合并在一个天然宿主细胞或生物体中进行表达,从这些宿主细胞
76长 春 大 学 学 报 第17
卷或生物体中制备提取物,然后采用标准的两步法重获靶蛋白和相关的相互作用组分。纯化后的物质可经凝胶分离,共纯化的蛋白质可经质谱进行鉴定。该方法降低了细胞高丰度蛋白质或从亲和柱渗漏出物所造成的背景污染,可以使极低丰度蛋白质复合物得到高度纯化。
3.3 利用体外表达克隆鉴定相互作用蛋白质
该法可以按照每个基因编码的蛋白质功能快速系统的筛选cDNA文库。含有文库质粒的细菌按照30～100个克隆/板的密度铺板,从每个板上刮下克隆,小规模质粒提取,构建质粒DNA池,然后每个含有30～100种不同cDNA的质粒池在S标记的甲硫氨酸存在的条件下体外转录翻译,检测产生的标记蛋白池的特35
异活性。
3.4 采用入阻遏物融合技术分离和鉴定自组装结构域
是基于融合到噬菌体入阻遏物氨基端DNA结合域的系统,已用于检测更为专一的蛋白质相互作用:自组装到同型寡聚体里。许多蛋白质自组装形成寡聚体,在研究单基因产物时,对寡聚化结构域进行检测和描绘已成为结构和功能分析的标准组成部分。入阻遏物的活性同时依赖于氨基端的DNA结合域和羧基端的寡聚化结构域,去掉羧基端的结构域会减弱DNA结合域的活性并使阻遏物失活,当异源寡聚化结构域被融合到氨基端结构域时,阻遏物可重新具有活性。阻遏物融合技术是对双杂交筛选方法和其他生化及遗传方法的一种补充。
3.5 基于膜的酵母双杂交体系
该法是用来检测和研究膜-蛋白质相互作用的。该策略是将感兴趣的膜诱饵蛋白(Y)与Cub融合,在其后连上人工转录因子PLV,将可能的相互作用蛋白(X)与,蛋白疫球蛋白(IgG)抗体对融合蛋白的免疫生物学检测,就重构了有功能的裂解泛素分子,PLA。
β23.6 半β2半,将两个待测的可能相互作用的蛋白质2gal的失突变体形成融合蛋白,并在细胞中表达。当待测蛋白相互作用时,两个β2gal的突变体相互补充重新获β2gal的酶活性,β2gal互补法有四种优点:直接、实验敏感性高、不需过表达相关蛋白、可以运用多种底物检测β2gal的活性。
3.7 利用蛋白质片段互补策略研究蛋白质相互作用(PCA)
在PCA技术中,一个酶的基因被合理地分为两个部分,融合蛋白是用两个可以互相结合的蛋白质构建的,每个蛋白质分别连接在两个不同的酶片段上,两个互相结合的蛋白质的融合催化了酶片段的结合,同时可检测重建酶的活性。PCA具有其独特的优点:可以根据所选择的细胞类型决定分析步骤;不需要专用试剂;可以进行自动化分析;在设计探针片段上有很大的灵活性;可以根据用于检测蛋白质相互作用的不同的酶采用不同的手段进行检测。
3.8 用膜上肽合成的方法分析蛋白质相互作用[][5]
此法是用免疫杂交形式检测结合到单个点上的蛋白质,适用于鉴定短的线性相互结构域,对一个相互作用结构域或整个蛋白质分析至少包括两步。首先,合成15个氨基酸的肽,用3～4个氨基酸移位覆盖整个序列。第二是分析中心结合结构域以及单个氨基酸的贡献。
3.9 蛋白成束增强蛋白质相互作用检测
双杂交实验中的阳性信号需要转录因子复合体两部分的装配,在考虑到彼此亲和力前提下,融合蛋白的
[7]表达量要保证复合体的形成。在许多情况下,融合蛋白表达量很低或其亲和力低于检测分析的阈值,将
一个来源于细菌的四聚体蛋白作为激活结构域和靶蛋白连接,融合蛋白的四聚体结构域的存在可以允许体内四个激活结构域同四个结合结构域形成“成束蛋白”,从而大大增强其表达,提高蛋白质-蛋白质相互作用的检测。
3.10 其他方法
除以上介绍的方法外,用计算方法分析全基因组蛋白相互作用,蛋白质相互作用的可视化和整合,通过
[8]调节蛋白质之间相互作用发展新的治疗方法也已得到了应用。
第2期 李研,等:
蛋白质相互作用的研究方法及进展77
细胞处于不断的变化过程中,因而使得细胞功能研究更加复杂,内源性和外源性的信号都能诱使细胞的形状、分裂状态、生活能力、代谢和别的一些内在特性发生变化,对这些信号解释和应答要求细胞中蛋白质组成和细胞内蛋白质间相互作用方式发生变化,对一个蛋白质相互作用谱的认识是最终了解细胞中该蛋白质的功能最重要的一步。
参考文献:
[1] DrewesG,BouwmeesterT.Globalapproachestoprotein-proteininteractions[J].CurrOpinCellBiol,2003,15(2):199.
[2] WalboutAJ,SordellaR,LuX,etal.ProteininteractionmappinginC.elegansusingproteinsinvolvedinvulvaldevelopment
[J].Science,2000,287(5450):116.
[3] FlajoletM.RotondoG,DavietL,etal.AgenomicapproachofthehepatitisCvirusgeneratesaproteininteractionmap[J].Gene,
2000,242(1-2):369.
[4] DoveSL,HochschildA.ConversionofomegasubunitofEscherichiacoliRNApolymeraseintoatranscriptionalactivatororan
activationtarget[J].GenesDev,1998,12(5):745.
[5] GavinAC,BoscheM,KrauseR,etal.Functionalorganizationoftheyeastproteomebysystematicanalysisofproteincomplexes
[J].Nature,2002,415(6868):141.
[6] HoY,GruhlerA,HeilbutA,etal.SystematicidentificationofproteincomplexesinSaccharomycescerevisiaebymassspectrome2
try[J].Nature,2002,415(6868):180.
[7] vonMeringC,KrauseR,SnelB,etal.Comparativeassessmentoflargescaledatasetsofprotein-printeractions[J].Na2
ture,2002,417(6887):399.
[8] ButlandG,Peregrin-AlvarezJM,LiJ,etal.InteractionnetworkrcomplexesinEsche2
richiacoli[J].Nature,2005,433(7025):531.
[9] SambrookandRussel.:,.
[10] Erica:,2003.
[11] Erica.[M].北京:中国农业出版社,2004.
[12] S.R.onJDunn.蛋白质组学:序列到功能[M].北京:科学出版社,2002.
[13] 钱小红,贺福初.蛋白质组学:理论与方法[M].北京:科学出版社,2003.
责任编辑:姜丽杰
Researchtechnologiesandimprovementofprotein2proteininteraction
LI2Yan1,2,ZHANG2Xia2
(1.DepartmentofBiology,DezhouUniversity,Dezhou253023,China;
2.DepartmentofBiology,ShandongNormalUniversity,Jinan250014,China)
Abstract:Thisarticleintroducesthemethodsandheadwaysinprotein2proteininteractions,includingstandardtechnologies,biophysicalapproaches,recentdevelopmentandothertools.Thearticledescribestheseexperimentaleffortstoapplyprotein2proteininteractions,suchapproachesallowelegantcontrolofgenefunction.
Keywords:protein;interaction;studymethods