目前农产品收购凭证主要存在以下问题：
一、虚购虚开收购凭证，在没有实际收购业务的情况下，虚开收购凭证，人为扩大进项税额。
二、将不是从农业生产者手中收购，而是从中间商购买的农产品，通过农产品收购凭证核算；更有甚者，主动不要发票，帮中间商逃了增值税。
三、个别企业以高于实际收购单价的方式开具收购凭证。
四、有的企业人为调节税负，在销售既定的情况下，倒轧进项，每月都适当缴些税款，以较小的代价，避开税务机关的监控视线。
上述行为，由于企业基本全部采用现金交易，仅凭查帐有时难以发觉，而且虚购虚开行为，一方面：扩大抵扣，少缴增值税；另一方面，多结转成本，也少缴了所得税，情节较为恶劣，主管税务机关加强管理，已刻不容缓。
对上述问题，建议采取如下措施加强管理：
一、加强户源管理，强化责任人制度。对使用农产品收购凭证的企业进行逐一清理登记，对符合用票条件的企业，建立专门的登记底册。同时，强化责任人管理和责任追究制度，严格税收政策，对不符合抵扣条件的抵扣凭证，坚决不予抵扣；对不符合用票条件或不规范使用凭证的企业，一律取消其用票资格，限期整改。
二、加强领购程序和手续的管理。对农产品收购凭证的使用，严格实行一支笔审批，实行发票发售员、责任人、分管局长三层把关，层层审核，着重审核企业用票的规范程度，根据用票企业的生产经营状况、销售量，限定发票、凭证的使用数量，并严格实行以旧换新制度、定期缴销、查验抵扣制度。
三、强化对使用农产品收购凭证企业的财务管理；要求企业，必须健全财务核算，建立收购台帐。对收购业务实行单独核算，对收购业务必须逐笔开票，一户一票，不准合票，收购发票必须填写齐全，注明收购时间、地点、数量、金额、收购人员、出售人及出售人的身份证号码，并逐笔登上收购台帐和现金日记帐。同时，要求收购凭证开具保管和收购人员必须实行“两分离”，收购发票必须放在企业会计处，企业收购人员凭收购过磅单和现金付款收据，到企业会计处开具收购凭证，收购凭证存根联后附企业过磅单和现金付款备查联。另外，每月申报时，增加报送农产品收购明细表及收购凭证抵扣联。
四、加强对使用农产品收购凭证企业的评估和检查；对使用收购凭证企业实行不定期抽查，看其填写是否规范，开具是否合法，收购是否真实，票、款以及库存是否合理。同时，采用收购原料占产成品的物耗比、或能耗比，进行纳税评估，从整体上控制农产品的耗用量。
五、加大税法宣传和案例剖析力度，增强税法的威慑力，促使纳税人提高纳税意识，守法经营；加强主管税务机关管理力度和稽查力度，强化跟踪和巡查，最大限度促使企业依法规范使用收购凭证；从深层上改变目前农产品收购凭证的抵扣制度和方法，建立一种更为科学合理的农产品管理方法。
目前农产品收购凭证主要存在以下问题：
一、虚购虚开收购凭证，在没有实际收购业务的情况下，虚开收购凭证，人为扩大进项税额。
二、将不是从农业生产者手中收购，而是从中间商购买的农产品，通过农产品收购凭证核算；更有甚者，主动不要发票，帮中间商逃了增值税。
三、个别企业以高于实际收购单价的方式开具收购凭证。
四、有的企业人为调节税负，在销售既定的情况下，倒轧进项，每月都适当缴些税款，以较小的代价，避开税务机关的监控视线。
上述行为，由于企业基本全部采用现金交易，仅凭查帐有时难以发觉，而且虚购虚开行为，一方面：扩大抵扣，少缴增值税；另一方面，多结转成本，也少缴了所得税，情节较为恶劣，主管税务机关加强管理，已刻不容缓。
对上述问题，建议采取如下措施加强管理：
一、加强户源管理，强化责任人制度。对使用农产品收购凭证的企业进行逐一清理登记，对符合用票条件的企业，建立专门的登记底册。同时，强化责任人管理和责任追究制度，严格税收政策，对不符合抵扣条件的抵扣凭证，坚决不予抵扣；对不符合用票条件或不规范使用凭证的企业，一律取消其用票资格，限期整改。
二、加强领购程序和手续的管理。对农产品收购凭证的使用，严格实行一支笔审批，实行发票发售员、责任人、分管局长三层把关，层层审核，着重审核企业用票的规范程度，根据用票企业的生产经营状况、销售量，限定发票、凭证的使用数量，并严格实行以旧换新制度、定期缴销、查验抵扣制度。
三、强化对使用农产品收购凭证企业的财务管理；要求企业，必须健全财务核算，建立收购台帐。对收购业务实行单独核算，对收购业务必须逐笔开票，一户一票，不准合票，收购发票必须填写齐全，注明收购时间、地点、数量、金额、收购人员、出售人及出售人的身份证号码，并逐笔登上收购台帐和现金日记帐。同时，要求收购凭证开具保管和收购人员必须实行“两分离”，收购发票必须放在企业会计处，企业收购人员凭收购过磅单和现金付款收据，到企业会计处开具收购凭证，收购凭证存根联后附企业过磅单和现金付款备查联。另外，每月申报时，增加报送农产品收购明细表及收购凭证抵扣联。
四、加强对使用农产品收购凭证企业的评估和检查；对使用收购凭证企业实行不定期抽查，看其填写是否规范，开具是否合法，收购是否真实，票、款以及库存是否合理。同时，采用收购原料占产成品的物耗比、或能耗比，进行纳税评估，从整体上控制农产品的耗用量。
五、加大税法宣传和案例剖析力度，增强税法的威慑力，促使纳税人提高纳税意识，守法经营；加强主管税务机关管理力度和稽查力度，强化跟踪和巡查，最大限度促使企业依法规范使用收购凭证；从深层上改变目前农产品收购凭证的抵扣制度和方法，建立一种更为科学合理的农产品管理方法。