作为新企业所得税法实施后企业重组税务处理的纲领性文件，《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号，以下简称59号文件）于2009年4月30日发布后，一直受到税企双方的高度关注。由于“特殊性税务处理”与“一般性税务处理”的计税基础不同，“特殊性税务处理”反而会在一些情况下造成重复纳税，这应引起重组双方足够的重视。
举例来说，甲公司持有A公司100%股权，该项投资的计税基础是1000万元，公允价值1亿元。2010年6月，甲公司与乙公司达成股权收购协议，乙公司收购A公司80%的股权，同时增发4000万股股份支付给甲公司，价值8000万元。以上交易符合59号文件规定的其他“特殊性税务处理”条件。2011年9月，甲公司将乙公司4000万股份转让给丙公司，转让价格9800万元。2011年10月，乙公司将A公司80%的股权转让给丁公司，转让价格8800万元。
如果在2010年度的股权收购环节，甲、乙双方选择采用“特殊性税务处理”，其应分别缴纳的税款计算如下：
在2010年度的股权收购环节，甲公司暂不确认股权转让所得，乙公司取得的A公司80%股权的计税基础是800万元（1000×80%），甲公司取得的乙公司4000万股份的计税基础，是转让的A公司80%股权的计税基础，即800万元。2011年度，因股权转让，甲公司应缴纳企业所得税为2250万元[（9800-800）×25%]，乙公司应缴纳企业所得税为2000万元[（8800-800）×25%]，甲、乙公司共缴纳税款4250万元。
但是，如果2010年甲、乙双方不选择“特殊性税务处理”，而是采用“一般性税务处理”，上述交易中，甲、乙双方应缴纳的税款金额具体计算过程如下：
2010年度的股权收购环节，甲公司应缴纳企业所得税1800万元[（8000-800）×25%].甲公司取得的乙公司的4000万股份的计税基础是8000万元，乙公司取得的A公司80%股权的计税基础是8000万元。2011年度，甲、乙公司因股权转让，甲公司应缴纳企业所得税为450万元[（9800-8000）×25%]；乙公司应缴纳的企业所得税为200万元[（8800-8000）×25%]，甲、乙公司共缴纳税款650万元。
从整个交易看，在两种方式下，甲公司在两种方式下税负相同，选择“特殊性税务处理”时需缴纳企业所得税为2250万元，选择“一般性税务处理”时先后分两次纳税，一共也是2250万元（1800+450），但选择“特殊性税务处理”比选用“一般性
作为新企业所得税法实施后企业重组税务处理的纲领性文件，《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号，以下简称59号文件）于2009年4月30日发布后，一直受到税企双方的高度关注。由于“特殊性税务处理”与“一般性税务处理”的计税基础不同，“特殊性税务处理”反而会在一些情况下造成重复纳税，这应引起重组双方足够的重视。
举例来说，甲公司持有A公司100%股权，该项投资的计税基础是1000万元，公允价值1亿元。2010年6月，甲公司与乙公司达成股权收购协议，乙公司收购A公司80%的股权，同时增发4000万股股份支付给甲公司，价值8000万元。以上交易符合59号文件规定的其他“特殊性税务处理”条件。2011年9月，甲公司将乙公司4000万股份转让给丙公司，转让价格9800万元。2011年10月，乙公司将A公司80%的股权转让给丁公司，转让价格8800万元。
如果在2010年度的股权收购环节，甲、乙双方选择采用“特殊性税务处理”，其应分别缴纳的税款计算如下：
在2010年度的股权收购环节，甲公司暂不确认股权转让所得，乙公司取得的A公司80%股权的计税基础是800万元（1000×80%），甲公司取得的乙公司4000万股份的计税基础，是转让的A公司80%股权的计税基础，即800万元。2011年度，因股权转让，甲公司应缴纳企业所得税为2250万元[（9800-800）×25%]，乙公司应缴纳企业所得税为2000万元[（8800-800）×25%]，甲、乙公司共缴纳税款4250万元。
但是，如果2010年甲、乙双方不选择“特殊性税务处理”，而是采用“一般性税务处理”，上述交易中，甲、乙双方应缴纳的税款金额具体计算过程如下：
2010年度的股权收购环节，甲公司应缴纳企业所得税1800万元[（8000-800）×25%].甲公司取得的乙公司的4000万股份的计税基础是8000万元，乙公司取得的A公司80%股权的计税基础是8000万元。2011年度，甲、乙公司因股权转让，甲公司应缴纳企业所得税为450万元[（9800-8000）×25%]；乙公司应缴纳的企业所得税为200万元[（8800-8000）×25%]，甲、乙公司共缴纳税款650万元。
从整个交易看，在两种方式下，甲公司在两种方式下税负相同，选择“特殊性税务处理”时需缴纳企业所得税为2250万元，选择“一般性税务处理”时先后分两次纳税，一共也是2250万元（1800+450），但选择“特殊性税务处理”比选用“一般性