总结： 引起肺炎的常见微生物包括：肺炎链球菌、葡萄球菌、肺炎支原体、肺炎衣原体、甲、乙型流感病毒、腺病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、疱疹病毒、麻疹病毒、巨细胞病毒和疱疹病毒、SARS 冠状病毒、禽甲型流感病毒、白念珠菌或其他念珠菌、烟曲霉、新生隐球菌、卡氏肺囊虫等。
痰培养： 临床通常将正常人喉以上部位称之为上呼吸道，上呼吸道定植有大量的正常菌群，而气管以下包括气管、支气管和肺泡称下呼吸道，通常无菌。下呼吸道感染包括急性气管-支气管炎、慢性支气管炎急性发作、支气管扩张继发感染及肺实质感染（肺炎、肺脓肿）等。病原体有细菌、病毒、衣原体、支原体、真菌、立克次体和原虫等。
1．痰标本培养前处理 不含或含粘液很少的合格标本，可直接接种，遇有含大量粘液的标本，应加入等量的液化剂（如pH7.6的10g/L胰酶溶液等），放置35℃待充分液化再行接种。亦可加液化剂后用旋转混匀器搅拌混匀，3000r/min离心10min 弃上清液，取沉淀物接种。
2. 分离培养
（1）一般细菌培养应同时划区接种：
1）血平板 适用于分离肺炎链球菌和其他细菌。 2）加抗生素的巧克力平板 适用于分离嗜血杆菌。 3）麦康凯/中国兰平板 适用于分离革兰阴性杆菌。
1. 痰标本中需要检测的主要致病菌：肺炎链球菌、肺炎克雷伯菌（可引起原发性肺炎）、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌（各种器官的化脓性感染，呼吸道的有气管炎、肺炎脓胸等）、铜绿假单胞菌(条件致病菌，院感主要病原菌之一，在人体抵抗力低下时可引起呼吸道感染等感染，该菌引起的慢性肺部感染占有较大比例) 。
2. 非病原菌：酵母菌、草绿色链球菌、凝固酶阴性葡萄球菌。
呼吸系统微生物学检查
急性上呼吸道感染和急性气管-支气管炎
急性上呼吸道感染简称上感，为外鼻孔至环状软骨下缘包括鼻腔、咽或喉部急性炎症的概称。主要病原体是病毒，少数是细菌。急性上感约有70％-8O ％由病毒引起，包括鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流感和副流感病毒以及呼吸道合胞病毒、埃可病毒和柯萨奇病
毒等。另有2O ％-30 ％的上感为细菌引起，可单纯发生或继发于病毒感染之后发生，以口腔定植菌溶血性链球菌为多见，其次为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和葡萄球菌等，偶见革兰阴性杆菌。
（一）普通感冒
为病毒感染引起，俗称“伤风”，又称急性鼻炎或上呼吸道卡他。
（二）急性病毒性咽炎和喉炎
由鼻病毒、腺病毒、流感病毒、副流感病毒以及肠病毒、呼吸道合胞病毒等引起。
（三）急性疱疹性咽峡炎
多由柯萨奇病毒A 引起。
（四）急性咽结膜炎
主要由腺病毒、柯萨奇病毒等引起。
（五）急性咽扁桃体炎
病原体多为溶血性链球菌，其次为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、葡萄球菌等。 病原学检查：因病毒类型繁多，且明确类型对治疗无明显帮助，一般无需明确病原学检查。需要时可用免疫荧光法、酶联免疫吸附法、血清学诊断或病毒分离鉴定等方法确定病毒的类型。细菌培养可判断细菌类型并做药物敏感试验以指导临床用药。
[附]流行性感冒
流行性感冒（influenza ，简称流感）是由流行性流感病毒引起的急性呼吸道传染病。
【病原体】
流感病毒属正黏病毒科，为RNA 病毒。病毒表面有一层脂质包膜，膜上有糖蛋白突起，由血凝素和神经氨酸酶构成。根据核蛋白抗原性不同，可将流感病毒分为甲、乙、丙三型，再根据血凝素和神经氨酸酶抗原性的差异甲型流感病毒又可分为不同亚型。抗原变异是流感病毒独特的和最显著的特征。甲型流感病毒极易发生变异，主要是血凝素H 和神经氨酸酶N 的变异。甲型流感病毒H 有巧种，N 有9种。根据抗原变异的大小，人体的原免疫力对变异了的新病毒可完全无效或部分无效，从而引起流感流行。乙型流感病毒也易发生变异，丙型流感病毒一般不发生变异。
急性气管-支气管炎是由生物、物理、化学刺激或过敏等因素引起的急性气管-支气管黏膜炎症。多为散发，无流行倾向，年老体弱者易感。
（一）微生物 病原体与上呼吸道感染类似。常见病毒为腺病毒、流感病毒（甲、乙）、冠状病毒、鼻病毒、单纯疤疹病毒、呼吸道合胞病毒和副流感病毒。常见细菌为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、卡他莫拉菌等，近年来衣原体和支原体感染明显增加，在病毒感染的基础上继发细菌感染亦较多见。
（二）物理、化学因素
（三）过敏反应
常见的吸人致敏原包括花粉、有机粉尘、真菌孢子、动物毛皮排泄物；或对细菌蛋白质的过敏，钩虫，蛔虫的幼虫在肺内的移行均可引起气管-支气管急性炎症反应。
肺部感染性疾病
肺炎是指终末气道、肺泡和肺间质的炎症，可由病原微生物、理化因素、免疫损伤、过敏及药物所致。细菌性肺炎是最常见的肺炎，也是最常见的感染性疾病之一。
1. 肺炎链球菌肺炎是由肺炎链球菌或称肺炎球菌所引起的肺炎。
2. 葡萄球菌肺炎是由葡萄球菌引起的急性肺化脓性炎症。
3. 肺炎支原体肺炎是由肺炎支原体引起的呼吸道和肺部的急性炎症改变，常同时有咽
炎、支气管炎和肺炎。
4. 肺炎衣原体肺炎是由肺炎衣原体引起的急性肺部炎症，常累及上下呼吸道，可引起
咽炎、喉炎、扁桃体炎，鼻窦炎、支气管炎和肺炎。
5. 病毒性肺炎是由上呼吸道病毒感染，向下蔓延所致的肺部炎症。引起成人肺炎的常
见病毒为甲、乙型流感病毒、腺病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒和冠状病毒等。免疫抑制宿主为疱疹病毒和麻疹病毒的易感者；骨髓移植和器官移植受者易患巨细胞病毒和疱疹病毒肺炎。
6. 传染性非典型肺炎是由SARS 冠状病毒（SARS-C O V ）引起的一种具有明显传染性、可
累及多个器官系统的特殊肺炎.
7. 人禽流行性感冒是由禽甲型流感病毒某些亚型中的一些毒株引起的急性呼吸道传
染病，可引起肺炎和多器官功能障碍。
8. 肺念珠菌病是由白念珠菌或其他念珠菌所引起的急性、亚急性或慢性肺炎。
9. 肺曲霉病主要由烟曲霉引起。
10. 肺隐球菌病多由吸人环境中的新生隐球菌引起。
11. 肺孢子菌，既往称其为卡氏肺囊虫，目前已归属于真菌。PC 引起的肺部感染称为卡
氏肺囊虫肺炎，即肺孢子菌肺炎。
肺脓肿是肺组织坏死形成的脓腔。痰涂片革兰染色，痰、胸腔积液和血培养包括需氧和厌氧培养，以及抗菌药物敏感试验，有助于确定病原体和选择有效的抗菌药物。
支气管扩张症，引起感染的常见病原体为铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和卡他莫拉菌。
肺结核：结核分枝杆菌
慢性支气管炎的感染因素：病毒、支原体、细菌等感染是慢性支气管炎发生发展的重要原因之一。病毒感染以流感病毒、鼻病毒、腺病毒和呼吸道合胞病毒为常见。细菌感染常继发于病毒感染，常见病原体为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌和葡萄球菌等。这些感染因素同样造成气管、支气管黏膜的损伤和慢性炎症。
胸腔积液
诊断未明确的胸腔积液，如是渗出液，则应做革兰氏染色找细菌和细菌培养(包括需氧和厌氧菌培养) 坑酸染色找结核菌和结核菌培养。涂片找真菌和真菌培养等。如怀疑寄生虫病 还应涂片找寄生虫。做细菌培养时，应在病房把胸腔积液直接接种在培养基上，做结核菌培养时，应在床旁用bactec 系统做培养接种，该系统所需时间较短且可获得较高的阳性率。
总结： 引起肺炎的常见微生物包括：肺炎链球菌、葡萄球菌、肺炎支原体、肺炎衣原体、甲、乙型流感病毒、腺病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、疱疹病毒、麻疹病毒、巨细胞病毒和疱疹病毒、SARS 冠状病毒、禽甲型流感病毒、白念珠菌或其他念珠菌、烟曲霉、新生隐球菌、卡氏肺囊虫等。
痰培养： 临床通常将正常人喉以上部位称之为上呼吸道，上呼吸道定植有大量的正常菌群，而气管以下包括气管、支气管和肺泡称下呼吸道，通常无菌。下呼吸道感染包括急性气管-支气管炎、慢性支气管炎急性发作、支气管扩张继发感染及肺实质感染（肺炎、肺脓肿）等。病原体有细菌、病毒、衣原体、支原体、真菌、立克次体和原虫等。
1．痰标本培养前处理 不含或含粘液很少的合格标本，可直接接种，遇有含大量粘液的标本，应加入等量的液化剂（如pH7.6的10g/L胰酶溶液等），放置35℃待充分液化再行接种。亦可加液化剂后用旋转混匀器搅拌混匀，3000r/min离心10min 弃上清液，取沉淀物接种。
2. 分离培养
（1）一般细菌培养应同时划区接种：
1）血平板 适用于分离肺炎链球菌和其他细菌。 2）加抗生素的巧克力平板 适用于分离嗜血杆菌。 3）麦康凯/中国兰平板 适用于分离革兰阴性杆菌。
1. 痰标本中需要检测的主要致病菌：肺炎链球菌、肺炎克雷伯菌（可引起原发性肺炎）、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌（各种器官的化脓性感染，呼吸道的有气管炎、肺炎脓胸等）、铜绿假单胞菌(条件致病菌，院感主要病原菌之一，在人体抵抗力低下时可引起呼吸道感染等感染，该菌引起的慢性肺部感染占有较大比例) 。
2. 非病原菌：酵母菌、草绿色链球菌、凝固酶阴性葡萄球菌。
呼吸系统微生物学检查
急性上呼吸道感染和急性气管-支气管炎
急性上呼吸道感染简称上感，为外鼻孔至环状软骨下缘包括鼻腔、咽或喉部急性炎症的概称。主要病原体是病毒，少数是细菌。急性上感约有70％-8O ％由病毒引起，包括鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流感和副流感病毒以及呼吸道合胞病毒、埃可病毒和柯萨奇病
毒等。另有2O ％-30 ％的上感为细菌引起，可单纯发生或继发于病毒感染之后发生，以口腔定植菌溶血性链球菌为多见，其次为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和葡萄球菌等，偶见革兰阴性杆菌。
（一）普通感冒
为病毒感染引起，俗称“伤风”，又称急性鼻炎或上呼吸道卡他。
（二）急性病毒性咽炎和喉炎
由鼻病毒、腺病毒、流感病毒、副流感病毒以及肠病毒、呼吸道合胞病毒等引起。
（三）急性疱疹性咽峡炎
多由柯萨奇病毒A 引起。
（四）急性咽结膜炎
主要由腺病毒、柯萨奇病毒等引起。
（五）急性咽扁桃体炎
病原体多为溶血性链球菌，其次为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、葡萄球菌等。 病原学检查：因病毒类型繁多，且明确类型对治疗无明显帮助，一般无需明确病原学检查。需要时可用免疫荧光法、酶联免疫吸附法、血清学诊断或病毒分离鉴定等方法确定病毒的类型。细菌培养可判断细菌类型并做药物敏感试验以指导临床用药。
[附]流行性感冒
流行性感冒（influenza ，简称流感）是由流行性流感病毒引起的急性呼吸道传染病。
【病原体】
流感病毒属正黏病毒科，为RNA 病毒。病毒表面有一层脂质包膜，膜上有糖蛋白突起，由血凝素和神经氨酸酶构成。根据核蛋白抗原性不同，可将流感病毒分为甲、乙、丙三型，再根据血凝素和神经氨酸酶抗原性的差异甲型流感病毒又可分为不同亚型。抗原变异是流感病毒独特的和最显著的特征。甲型流感病毒极易发生变异，主要是血凝素H 和神经氨酸酶N 的变异。甲型流感病毒H 有巧种，N 有9种。根据抗原变异的大小，人体的原免疫力对变异了的新病毒可完全无效或部分无效，从而引起流感流行。乙型流感病毒也易发生变异，丙型流感病毒一般不发生变异。
急性气管-支气管炎是由生物、物理、化学刺激或过敏等因素引起的急性气管-支气管黏膜炎症。多为散发，无流行倾向，年老体弱者易感。
（一）微生物 病原体与上呼吸道感染类似。常见病毒为腺病毒、流感病毒（甲、乙）、冠状病毒、鼻病毒、单纯疤疹病毒、呼吸道合胞病毒和副流感病毒。常见细菌为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、卡他莫拉菌等，近年来衣原体和支原体感染明显增加，在病毒感染的基础上继发细菌感染亦较多见。
（二）物理、化学因素
（三）过敏反应
常见的吸人致敏原包括花粉、有机粉尘、真菌孢子、动物毛皮排泄物；或对细菌蛋白质的过敏，钩虫，蛔虫的幼虫在肺内的移行均可引起气管-支气管急性炎症反应。
肺部感染性疾病
肺炎是指终末气道、肺泡和肺间质的炎症，可由病原微生物、理化因素、免疫损伤、过敏及药物所致。细菌性肺炎是最常见的肺炎，也是最常见的感染性疾病之一。
1. 肺炎链球菌肺炎是由肺炎链球菌或称肺炎球菌所引起的肺炎。
2. 葡萄球菌肺炎是由葡萄球菌引起的急性肺化脓性炎症。
3. 肺炎支原体肺炎是由肺炎支原体引起的呼吸道和肺部的急性炎症改变，常同时有咽
炎、支气管炎和肺炎。
4. 肺炎衣原体肺炎是由肺炎衣原体引起的急性肺部炎症，常累及上下呼吸道，可引起
咽炎、喉炎、扁桃体炎，鼻窦炎、支气管炎和肺炎。
5. 病毒性肺炎是由上呼吸道病毒感染，向下蔓延所致的肺部炎症。引起成人肺炎的常
见病毒为甲、乙型流感病毒、腺病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒和冠状病毒等。免疫抑制宿主为疱疹病毒和麻疹病毒的易感者；骨髓移植和器官移植受者易患巨细胞病毒和疱疹病毒肺炎。
6. 传染性非典型肺炎是由SARS 冠状病毒（SARS-C O V ）引起的一种具有明显传染性、可
累及多个器官系统的特殊肺炎.
7. 人禽流行性感冒是由禽甲型流感病毒某些亚型中的一些毒株引起的急性呼吸道传
染病，可引起肺炎和多器官功能障碍。
8. 肺念珠菌病是由白念珠菌或其他念珠菌所引起的急性、亚急性或慢性肺炎。
9. 肺曲霉病主要由烟曲霉引起。
10. 肺隐球菌病多由吸人环境中的新生隐球菌引起。
11. 肺孢子菌，既往称其为卡氏肺囊虫，目前已归属于真菌。PC 引起的肺部感染称为卡
氏肺囊虫肺炎，即肺孢子菌肺炎。
肺脓肿是肺组织坏死形成的脓腔。痰涂片革兰染色，痰、胸腔积液和血培养包括需氧和厌氧培养，以及抗菌药物敏感试验，有助于确定病原体和选择有效的抗菌药物。
支气管扩张症，引起感染的常见病原体为铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和卡他莫拉菌。
肺结核：结核分枝杆菌
慢性支气管炎的感染因素：病毒、支原体、细菌等感染是慢性支气管炎发生发展的重要原因之一。病毒感染以流感病毒、鼻病毒、腺病毒和呼吸道合胞病毒为常见。细菌感染常继发于病毒感染，常见病原体为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌和葡萄球菌等。这些感染因素同样造成气管、支气管黏膜的损伤和慢性炎症。
胸腔积液
诊断未明确的胸腔积液，如是渗出液，则应做革兰氏染色找细菌和细菌培养(包括需氧和厌氧菌培养) 坑酸染色找结核菌和结核菌培养。涂片找真菌和真菌培养等。如怀疑寄生虫病 还应涂片找寄生虫。做细菌培养时，应在病房把胸腔积液直接接种在培养基上，做结核菌培养时，应在床旁用bactec 系统做培养接种，该系统所需时间较短且可获得较高的阳性率。